明朝灭亡之后，黄宗羲仍然严守“夷夏之辨”。不仅如此，他积极支持反清复明运动，积极为其出谋划策。可惜他人微言轻，所论所想始终无法付诸实践，人们只能从他的文字中听到连绵不绝的愤慨和叹息。尽管如此，黄宗羲的用兵方略仍然不容忽视，志在复明的雄心壮志更值得尊重。
在为户部贵州清吏司主事董守谕所作墓志铭中，黄宗羲指出，首先必须选出知兵之将和尽职尽责之将。在为董公痛哭之余，他也感叹孙嘉绩、熊汝霖都是书生，并不懂得用兵之道，于是就迎请方国安、王之仁授以军事大权。方国安、王之仁来到之后，立即接管了浙东原有营兵和卫军，自称正兵，孙嘉绩、熊汝霖、钱肃乐等人虽被授予督师官衔，但手下只有临时招募而来的市民、农夫，称义兵。方国安、王之仁为人专横，凭借着兵力优势，竭力推行“分地分饷”的主张。按照他的主张，正兵应瓜分全部正饷，即按亩计征的田赋，义兵则只能食义饷，即通过劝输等办法取得的银米。这一做法其实体现了军阀割据的恶习，义兵因为失去固定粮饷而立即陷入困境。因此，董守谕曾向鲁王痛陈：“义兵食义饷，是散遣义兵之别名。”[47]
果然，因为方、王二人的无礼与蛮横，抗清形势也就此发生改变。浙东各处聚集起来的义师由于粮饷断绝而逐渐散去，就连督师大学士张国维直接掌管的亲兵营也只有几百人，抗击清兵的力量变得更加薄弱。说到底，反清复明大业最终还是要依靠军队来完成，需要有一定规模的、敢于决战决胜的军队才行。当时，清军已经处于绝对优势地位，抗清军队在兵力上已经明显处于劣势。遗憾的是，在这种情况下，由于方、王二人带兵无方、用兵乏术，导致抗清力量逐渐瓦解。黄宗羲对此感到无比愤懑，因此表达出强烈的愤慨之情。
在为熊汝霖所作行状中，黄宗羲表达了类似的愤慨。熊汝霖曾在崇祯四年（1631）疏陈用将之失，条陈明军“胥吏提虎旅，纨裤子握兵符，何由奋敌忾”[48]的现状，得到皇帝的赞赏。所以这正是黄宗羲发表自己感慨的机会：“兵士一闻督战，便汹汹欲叛，如此则将不能御兵，何名为将？督师不能用将，何名督师？兴言及此，督将之肉其足食乎！”[49](www.xing528.com)
尽管遇到不少人反对，黄宗羲还是坚决表示赞同乞师日本。他对那些持反对意见的人说：“忠臣义士，穷思极计，海水不足较之浅深，徒以利害相权。如余煌者，真书生之见也。”[50]很显然，他主张乞师日本，是希望借助蛮夷之力做最后一搏，这虽与黄宗羲所秉持的传统夷夏观相悖，但也是出于万不得已。对此，他不仅在言语上予以积极支持，更从行动上积极响应。顺治五年，黄宗羲亲自东渡日本，希望能找到援兵。当然，不出反对人士所料，黄宗羲赴日本乞师，并没有取得什么实际成果。在当时的情形之下，指望日本从海上派出若干军队打败已经势如虎狼的清军，无异于天方夜谭。并且，即便是借到了军队，日本军队在中国会做出什么样的举动，其实也非常难以预测。但不管如何，我们从这一不同寻常的举动中可以体味到他志在复明的坚定决心。黄宗羲甚至由此而放弃固有的夷夏观，可知他并非那种完全不知权变的儒生。
从全祖望所撰《梨洲先生神道碑文》中可以看出，黄宗羲也对古典兵略有所研究。他死地决胜的气概，与孙子“陷之死地然后生”[51]的战法一脉相承。黄宗羲曾遗书王之仁，希望他能率领残余军队与清军做殊死搏斗：“诸公何不沉舟决战，由赭山直趋浙西？而日于江上放船鸣鼓，攻其有备，盖意在自守也。蕞尔三府以供十万之众，北兵即不发一矢，一年之后恐不能支，何守之为？”[52]“沉舟决战”的故事，在楚汉相争时期发生，名将项羽曾经使用，韩信的背水阵战法也与之仿佛，都是继承了孙子“死地决战”的战法。敢于将士卒置于死地，并在绝境中求生，只有杰出军事家才能做到。黄宗羲寄望于王之仁等人，希望他们能将自己置之死地，显然不太切合实际。
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