与选拔士兵相比，黄宗羲花费了更多的力气讨论如何选用军官。孙子指出，“夫将者，国之辅也”[34]。将帅是军队之魂，是维系国家安全的重要辅佐力量。能否做好选官，始终关系到军队的兴衰，也关系到战争的胜败，与国家安危也有着密切联系。论及士卒选拔，黄宗羲对“军民太分”的兵制深以为憾，论及军官选拔，则对明朝“重文轻武”的官制表示出深恶痛绝之情：“今日不重武臣，故武功不立。”[35]考察明朝军制的演变史，黄宗羲发出如此慨叹也是有原因的。在明朝，武将确实长期不受重视。不仅是不受重视，甚至还长期被有意打压。因为皇帝对这些武将充满戒备之心，只想确保皇权的集中和稳定。
朱元璋在建立明朝之后，曾就军事机构的设置问题费尽思量。他先是设大都督府，不久便改设五军都督府，又另设兵部，以五军都督府和兵部互相配合又互相牵制。兵部只能秉承皇帝的旨意派兵，却始终无权统兵，五军都督府奉命统兵，却无权派兵，这便将军队的管理权与使用权分开，便于皇帝进行掌控。此后，各地以都指挥司为最高军事机构，分别隶属于五军都督府。但是，在永乐朝之后，这种制度逐渐发生变化。比如，以往临时派往边镇的总兵官，渐渐成为固定职务，成为地方最高军事长官。但是，为了对这些武将加强监督，每逢战事则另派巡抚。此后，又另设总督完成对总兵官和巡抚的节制，总之，总兵官的军权越来越弱，而且叠床架屋式的层层设防，势必导致指挥体系发生梗阻。总兵官作为武将，只能听命和受制于督抚或经略，有将之名而无将之实，因此而埋下极大的隐患。
武将不受重用，自然会带来相应的弊端。在黄宗羲看来，在保卫国家社稷的过程中，最重要之人莫过于将。他指出：“夫安国家，全社稷，君子之事也；供指使，用气力，小人之事也。国家社稷之事，孰有大于将？使小人而优为之，又何贵乎君子耶？今以天下之大托之于小人，为重武耶，为轻武耶？是故与毅宗从死者，皆文臣也。当其时，属之以一旅，赴贼俱死，尚冀十有一二相全，何至自殊城破之日乎？是故建义于郡县者，皆文臣及儒生也。当其时，有所借手以从事，胜负亦未可知，何至驱市人而战，受其屠醢乎？”[36]黄宗羲所做以上的分析不无道理，打仗这些事情，毕竟还是要仰仗武将。前线作战要依靠武将来指挥：“器甲之精致犀利，用之者人也；人之壮健轻死善击刺者，用之者将也。”[37]所以，武将的作用就是能够将普通之人变成拥有技击能力的勇敢轻死之人，并组织好使用好，为戍边卫国发挥作用。如果各处郡县在这个问题上本末倒置，都仰仗文臣和儒生去守卫疆土，甚至只能驱赶市人作战，使得武将就此失去施展军事才能的舞台，那么大片领土也就只能拱手送人，百姓也只能束手就擒。
从历史上看，文武分为两途实则是先秦时期就已开始出现的现象，虽说其间也表现出“无序及不彻底性”特征。[38]《六韬》中就已经有“将相分职”[39]一词出现。这种文武分职，是春秋末期新兴士大夫兴起、文士地位获得认可以及军事史发展的结果，但黄宗羲认为这种分职只是在唐宋才发生：“唐、宋以来，文武分为两途。”[40]我们姑且抛却这个认识的分歧不说，只看他对文武分职作用的认识。在黄宗羲看来，这种分职的目的，就是为了防止叛乱：“故莅军者不得计饷，计饷者不得莅军；节制者不得操兵，操兵者不得节制。方自以犬牙交制，使其势不可为叛。”[41]但是，设计虽然精巧，实际效果未必能达到。叛乱固然得到了遏制，但军队的战斗力往往也会就此大大削弱，反倒造成了更大的危机。何况，想叛变和作乱的危险分子，始终大有人在：“夫天下有不可叛之人，未尝有不可叛之法。”[42]为此，他引用杜牧的观点，认为只有“圣贤才能多闻博识之士”，才永远不会背叛朝廷。至于那些不识礼义的豪猪健狗之徒，则始终想着叛乱，即便设计再精巧，仍无法从根本上加以杜绝。比如在崇祯时期，各种钳制和监督手段未曾停止，但仍无法杜绝反叛现象发生。所以，这种文武分途的运作，并不能从根本上杜绝武将反叛。黄宗羲以明朝灭亡为例：“试观崇祯时，督抚曾有不为大帅驱使者乎？此时法未尝不在，未见其不可叛也。”[43]由此可见，从杜绝叛乱、维护政权稳定的角度来说，文武分职也许有着一定作用，但并不能起到绝对作用。黄宗羲认为，就明朝的指挥体制而言，如果遇到战事，可以“将自中出”，即以侍郎挂印而总领指挥权，也可以巡抚为将，挂印征讨。他举出明朝一些成功的例子，如沈希仪、万表、俞大猷、戚继光等人，其实都是“内而兵部，外而巡抚”[44]的成功例证。(www.xing528.com)
在黄宗羲看来，由文人领兵未尝不是一种选择。从指挥作战来说，儒生和文士往往也能起到意想不到的作用。黄宗羲指出：“自儒生久不为将，其视用兵也，一以为尚力之事，当属之豪健之流；一以为阴谋之事，当属之倾危之士。”[45]在他看来，儒生并非不能从事“尚力之事”。恰恰相反，其中的一些人往往能成为“豪健之流”。并且，儒生由于自身知识水平高，一旦学会使用谋略，往往就会成为“倾危之士”。黄宗羲本为儒者，对儒生颇有高看之嫌，但他这番论述并非完全没有道理。历史上确实有一些文人曾经实现华丽转身，特别善于领兵作战。单就明朝而言，便有王守仁这样杰出的大儒，在平叛战争中发挥了积极作用，说成是“豪健之流”或“倾危之士”也毫不为过。所以，黄宗羲坚信文人领兵自会有所作为，因为领兵作战是“将帅之事”，并非“士卒之事”，其中固然需要“力”，但更需要“谋”。
当然，黄宗羲主张给文人更多施展军事才华的机会，其真实用意是主张“文武合为一途”，并非单纯地为文人呐喊，为文人提高政治地位。所以，在《明夷待访录》中，他分析道：“使文武合为一途，为儒生者知兵书战策非我分外，习之而知其无过高之论，为武夫者知亲上爱民为用武之本，不以粗暴为能，是则皆不可叛之人也。”[46]从这段话中，不仅可以看出黄宗羲的“文武合为一途”的主张，也能看到他立足现实的努力：一方面是使得儒生能够知晓兵书战策，能够在战场上充分发挥作用；另一方面也要使得武夫懂得亲民爱民才是用武之本，而不再是以粗暴为能，甚至自此成为忠诚卫士，永不背叛朝廷，这就是实现文武合为一途的好处。只有在官制层面努力，实现“文武一途”，才能从根本上提高指挥决策层面的能力和水平问题，并且杜绝反叛现象的发生。
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