蒙古人在退出中原之后，并没有就此偃旗息鼓。元顺帝死后，其子退守和林，试图继续维持旧有政权，历史上称其为北元。这成为蒙古贵族组织反攻、恢复元朝的寄托与希望。朱元璋不得不在北疆重兵布防，努力消解来自塞外的威胁。终明一代，蒙古人始终在北部边境对大明王朝造成持久的威胁。既然如此，也难怪朱明政权视其为死敌，一直将其列为主要对手。
起初阶段，朱元璋对包括东北、漠北及西南各地少数民族政权，都是采取积极拉拢的态度，施行“羁縻”政策，努力敦促其放弃割据。为了达成这一目标，明廷甚至在经济上给予积极的优惠政策，极少索取，并经常给予补贴，即便是明知此举并不能始终奏效。在面对较为顽固的北元时，朱元璋也曾试图和平争取，耐心细致地与其谈判，想方设法进行拉拢。但是，纳哈出面对明廷的遣使致书，始终无动于衷，最后只是在大兵压境的绝境之下勉强投降。朱元璋深知，要想彻底消除北元对中原的威胁，仅仅依靠“羁縻”政策显然不行，必须同时注意清剿这些顽固不化的残余势力，防止他们卷土重来。从明朝初期的多起战乱来看，主要还是与北元残余势力的矛盾。洪武年间，明廷与北元之间爆发的战争，规模较大的就有七次[95]，至于规模较小的战事，则难以计数。
出于统一全国的需要，朱元璋采取了积极进攻的策略。洪武四年（1371）正月，朱元璋下令出动大军，兵分两路，筹划消灭四川明夏政权。大军将出，朱元璋密谕傅友德“兵贵神速，但患尔等不勇”[96]，要求其果断出击。与此同时，他下令邓愈等人全力做好后勤保障。明军很快灭掉了明夏政权，为进一步平定云南创造了条件。此后，西南各部残余势力纷纷宣布臣服，朱元璋遂下令停止进一步的清剿行动。但是，也有一些部落首领充分利用明廷急于“羁縻”的想法，虽在政治上有所妥协，却不愿意在经济上有所让步，甚至拒绝放弃军事武装。尤其是云南的梁王，朝廷派出的使者先后两次被杀。朱元璋彻底看清其勾结北元对抗朝廷的真实面目，于是加紧推进军事清剿的准备工作。洪武十年（1377），吐蕃某部落首领，抱着和梁王相似的心态，顽固地与明廷为敌，朱元璋同样本着先礼后兵的策略，坚决予以清剿。卫国公邓愈受命担任征西将军，大都督府同知沐英受命担任副将军，率领大军征讨，经过一番苦战，最终大败对手，“群番震慑，不敢为寇”[97]。
对于逃到北方的北元军队，朱元璋也加大力气进行追剿，尽量消灭其有生力量。要想实现“北拒蒙古，南捍诸番”[98]的战略目标，就必须加强对西北地区的控制，何况拥兵十余万的扩廓帖木儿也日益成为大患。刘基曾告诫朱元璋“王保保未可轻也”[99]，此王保保即扩廓帖木儿。洪武三年（1370）正月，朱元璋任命左丞相信国公徐达为征虏大将军，浙江行省平章李文忠为左副将军，都督冯胜为右副将军，御史大夫邓愈为左副副将军，中山侯汤和为右副副将军，率师数十万，兵分两路，征伐北元。其中一路由徐达率领，负责对扩廓帖木儿发起进攻；另外一路则由李文忠率领，负责攻打元主在塞北的驻地。经过数月奋战，两路大军都取得胜利。徐达击溃了扩廓帖木儿的大军，俘虏将校士卒8万余人，马匹万余，扩廓帖木儿仅携妻儿数人侥幸脱逃。李文忠也取得了丰硕战果，缴获俘虏及驼马牛羊等无以计数，元太子仅率数十骑逃脱。
为了继续清剿扩廓帖木儿残部，洪武五年（1372）正月，朱元璋再次任命徐达为征虏大将军，李文忠为左副将军，冯胜为征西将军，兵分三路，出师塞外。出兵之前，朱元璋曾和众将讨论北边问题，徐达建议立即北征。朱元璋一度非常犹豫，看到众将纷纷支持徐达，最终同意出兵，但也告诫徐达等人“益思戒慎，不可轻敌”[100]。结果，此役果然出师不利。三路兵马中，仅冯胜的西路军战果丰硕。李文忠的东路军在深入蒙古腹地之后，遭到北元军队的激烈抵抗，宣宁侯曹良臣及周昱、常荣、张耀等将领战死，李文忠也险遭不测。徐达的中路军在岭北等地败绩，损失惨重。
此役过后，朱元璋深切感受到蒙古军事力量尚强，一时难以平定，于是将积极进攻的策略，改为积极防御的战略。[101]也有学者认为采取的是“防御为主的战略”[102]。二十多年后，当朱元璋回忆此役，仍然后悔不迭，称当时应该“正欲养锐，以观胡变”，最终却“轻信无谋，以致伤生数万”。[103]与此同时，他也用这次失败的教训，严厉告诫晋王和燕王应始终对北元保持戒备之心。
朱元璋吸取教训之后，虽说发起的战争规模已经大不如以前，但对元朝残余势力的追剿行动仍在持续。洪武十二年（1379），朱元璋派马云征大宁。洪武十三年（1380），朱元璋命西平侯沐英统兵征讨和林的元国公脱火赤。在经过一番围攻之后，沐英成功活捉脱火赤。洪武十四年（1381），朱元璋下令“规画粮饷，开拓道路，置立驿传，积粮草，以俟大军征进”[104]，为征讨云南故元梁王做准备。同年九月，朱元璋命傅友德为征南将军，蓝玉、沐英为左右副将军，率大军攻占云南，就此置云南布政使司。洪武二十年（1387）正月，朱元璋命宋国公冯胜为征虏大将军，对长期据守辽东的故元大臣纳哈出发起进攻。20万明军火速进兵，纳哈出身处重围之中，而且众叛亲离，只得束手归降。其手下部众也大多投降。洪武二十年（1387），朱元璋命蓝玉为征虏大将军，唐胜宗、郭英为左右副将军，率兵15万再攻北元。次年，蓝玉率兵击溃敌军，擒获包括元主次子地保奴，俘获人口甚众。两年后，傅友德随燕王朱棣出征漠北时，逼迫北元丞相乃儿不花投降。这些行动说明朱元璋在做好固守的同时，始终不忘抓住时机对北元发起攻击，争取北疆的彻底安定。(www.xing528.com)
从上述进攻态势可知，朱元璋此时对北元实则采取的是“积极防御战略”，说是“防御为主的战略”也通。朱元璋继续进行着征伐故元残余势力的军事行动，但不会再一味冒进，而是懂得适可而止，确定有了绝对优势之后才会发起进攻，而且始终是进退有据。此时朱元璋越发认识到北元实力犹存，而且简单地通过战争行为无法从根本上解决问题。在这之后，朱元璋对北元真正改变了策略和方针，政策上转而采取安抚为主，战略上也基本趋于守势。这一策略，也就是朱元璋自己所总结的“固守疆圉”。做出这一改变，既是基于双方实力的考虑，也与时势的变化直接相关。
在确定“固守疆圉”的战略方针之后，朱元璋对故元势力不再继续实施穷追猛打的战术。当初徐达北伐军威正盛之时，曾一度主张深入漠北腹地，“乘势捣其孤城”[105]，结果被朱元璋阻止。其时，徐达如果继续进兵，不仅有孤军深入的危险，也违背了孙子“穷寇勿追”[106]的战理。当然，朱元璋劝阻徐达的理由还不止这些，还包括那些神鬼难测的玄而又玄的荒诞之理：“气运既去，理固当衰，其成其败，俱系于天。若纵其北归，天命厌绝，彼自澌尽。”[107]不管如何，朱元璋对徐达进行了劝阻，并告诫他说：“不必穷兵追之，但其出寨（塞）之后，即固守疆圉，防其侵扰耳。”[108]至于孙子所说“穷寇勿追”的道理，朱元璋后来还在另一场合说过。此时，徐达仍然主张高歌猛进，奏称天下已定，“惟王保保出没边境”[109]，所以请命率领众将士进兵围剿。对此，朱元璋仍是予以劝阻：“彼朔漠一穷寇耳，终当绝灭，但今败亡之众远处绝漠，以死自卫，困兽犹斗，况穷寇乎，姑置之。”[110]在这里，朱元璋虽然没有提及《孙子兵法》，但其中所述道理与孙子“穷寇勿追”完全相通。“固守疆圉”成为洪武朝中后期，乃至终明一朝对北元和蒙古的基本态度。
所谓“固守疆圉”，着眼点在“守”，明显是一种防御战略。就当时总体形势而言，朱元璋做出这种改变，非常及时而又正确。大明王朝刚刚建立，国内正处于百业待兴的局面，需要致力于发展经济，经不起长时间的战争消耗。北元这边则占据大漠南北的广袤地域，在塞外也长期拥有牢固的统治基础，明军对于此地只能是鞭长莫及。塞外作战主要依靠骑兵，北元因为拥有良马而一举占据优势，明军则主要依靠步兵，全国可用的战马不多，缺乏在塞外与北元作战的基础条件。受政治形势、军事形势、经济条件等因素逼迫，朱元璋及时改变对北元的战略。“固守疆圉”是积极防御的战略，并不是消极防守，而是守中带攻，一旦条件成熟，则立即对敌展开进攻。随着北疆形势的稳定，明朝转而积极经营东北和西北边疆，对北元的左右两翼施加压力。
在《皇明祖训》中，朱元璋曾明确宣布他对“四方诸夷”的态度：“四方诸夷，皆限山隔海，僻在一隅，得其地不足以供给，得其民不足以使令。若其不自揣量，来扰我边，则彼为不祥。彼既不为中国患，而我兴兵轻伐，亦不祥也。”[111]这段话既然写进“祖训”，说明其被确定为明朝的基本国策，而且充分表明了朱元璋的边境政策就是“人不犯我，我不犯人”，这其中贯穿的正是防御的战略方针。当然，在战略上改为退守之势，并不代表消极防守，无所作为，依然要加强战备，防患于未然。为此，朱元璋要求徐达等人在无事之时，应当加紧“练习军士，修葺城池，严为备守”，这才能保证“边境永安，百姓乐业，朝廷无西北之忧”。[112]
为了求得边境的安宁，朱元璋对塞外蒙古各部，转而更多采用“羁縻”之策，并力争分而治之。与此同时，在国内的民族政策上，尤其是对蒙古族的政策上，朱元璋也做了调整。当初，为争取民心，朱元璋在北伐檄文中宣告：“如蒙古、色目虽非华夏族类，然同生天地之间，有能知礼义，愿为臣民者，与中夏之人抚养无异。”[113]在推翻元朝统治之后，朱元璋对大量留居中原的蒙古人和色目人，同样给予优待，不仅给予从事耕种和生产的机会，也允许他们和汉人通婚，甚至对其中优秀分子大胆重用。这种改变也是对塞外蒙古族的主动示好，无疑也会对推行战略防御起到一定的积极作用。
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