康熙帝文治武功，欲效仿孔子“述而不作”，热衷大型类书的编纂，可以说，集成馆的顺利运转与康熙帝的大力支持有着莫大关系，然而，就在费“数十年之圣心，令将古今图书汇集成编”[44]的万卷《集成》即将完书之时，康熙驾崩了。雍正帝即位后，不久即下谕惩办集成馆总裁陈梦雷等人，并提出另选人员经办未完之《集成》：
谕内阁九卿等：陈梦雷原系从耿逆之人，皇考宽仁免戮，发往关东。皇考东巡，念其平日稍知学问，带回京师，交诚亲王处行走。累年以来，不思改过，招摇无忌，不法甚多。朕以皇考恩免之人，不忍加诛。然京师断不可留，皇考遗命以敦睦为嘱，陈梦雷若在诚亲王处，将来必致有累。九卿等知陈梦雷者颇多，或其罪有可原，不妨直言，朕即赦免。如朕言允当，应将陈梦雷并伊子远发边外，或有陈梦雷之门生，平日在外生事者，亦即指名陈奏。……陈梦雷处所存《古今图书集成》一书，皆皇考指示训诲，钦定条例，费数十年圣心。故能贯穿今古，汇合经史，天文地理皆有图记，下至山川草木百工制造、海西秘法靡不备具，洵为典籍之大观。此书工犹未竣，著九卿公举一二学问渊通之人，令其编辑竣事。原稿内有讹错未当者，即加润色增删，仰副皇考稽古博览至意。[45]
雍正帝即位不过一月，即下此诏谕，应该说是对此事相当重视。陈梦雷在康熙时期虽有“从耿逆”的前科，但得到了康熙的赦免，并被任命为集成馆总裁，待遇优厚，此时忽而生变，获罪遭遣，罪名是“不思改过，招摇无忌，不法甚多”，甚至连其子侄也受牵连，令人感到十分蹊跷。其实，这与康熙末年的皇位继承有关。大致而言，陈梦雷作为诚亲王的重要幕僚，直接参与了皇位争夺战，集成馆中多有陈梦雷亲戚子侄和门生故吏，多少牵连其中。雍正即位，对允祉集团反攻倒算，陈梦雷不可避免地成了雍正的重点打击对象。
对于康熙朝集成馆人员的处置，雍正元年正月二十七日《内阁学士蒋廷锡等奏陈办理古今图书集成情形并编校人员去留折》中有所透露：
其修书人员陈梦雷所取八十人，今除陈圣恩、陈圣眷已经发遣，周昌言现在缉拿，汪汉倬、金门诏已经黜革。其陈梦雷之弟陈梦鹏，侄陈圣瑞、陈圣策，应驱逐回籍。林镡、方侨、郑宽、许本植四人皆福建人，系陈梦雷之亲，林在衡、林在峨二人系已革中书林佶之子，亦应驱逐。李莱已经告假，王之拭从未到馆，亦应除去外，存六十四人。[46]
雍正特意在奏折“皆福建人”行间朱批：“此辈交部立刻递解还乡，行于督抚严加看守本地，不许在外游荡生事。先逐告假者，亦皆行文去。”[47]关于惩办集成馆部分纂修人员之事，雍正元年一月二十七日内阁大库档案有所补充，说明刑部执行了雍正的谕旨：(www.xing528.com)
刑部福建司为递解事。刑部福建司为十六阿哥、蒋廷锡、陈邦彦启奏古今图书集成馆事宜。奉旨：陈梦雷之弟陈梦鹏、侄陈圣瑞等交部立刻递解还乡，行于督抚严加看守本地，不许在外游荡生事，先告假之李莱亦行文去。[48]
可见，雍正即位后，对康熙朝原集成馆进行了局部清洗，惩治的对象主要是集成馆总裁陈梦雷、领袖纂修金门诏以及陈梦雷的亲戚子侄、门生故吏，共16人，分别予以发遣、缉拿、黜革、驱逐回籍等处罚。而这些人应该是集成馆纂修《集成》的主力，集成馆总裁遭到流放，其他15人离馆，势必会影响集成馆的正常运行，纂修工作暂时陷入停顿。
即便雍正帝对主持集成馆工作的允祉和陈梦雷恨之入骨，集成馆如何“藏污纳垢”，作为继承大清帝国家业的君主，雍正也很清楚乃父下诏所编“典籍之大观”——《古今图书集成》的分量，鉴于《集成》尚未完工，因此提出“著九卿公举一二学问渊通之人，令其编辑竣事。原稿内有讹错未当者，即加润色增删”，［2］也就是让九卿推荐人选，组织集成馆重新开馆纂修。
雍正元年正月初五日，雍正帝已经物色好合适的人选，并下旨给内阁学士蒋廷锡：“《古今图书集成》，皇考费数十年心力方成是书，今刷印校对之工尚有未完，特派尔为总裁，陈邦彦为副总裁。尔等务期竭心尽力，将通部重行校看，凡讹错字句及有应删应添之处，必逐一改正，以成皇考之书。钦此。”[50]集成馆总裁、副总裁的重新任命，也标志着停顿多日的集成馆重新开馆，进入雍正朝集成馆时期，这一时期集成馆的主要纂修人员仍然是康熙朝原有纂修人员的班底，所以与康熙朝集成馆并非截然不同，这是值得我们特别注意的。
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