《仲裁法》规定了仲裁委员会由直辖市和省、自治区人民政府所在地的市，或者根据需要由其他设区的市的人民政府组织有关部门和商会统一组建，但未对仲裁机构作出明确定位，这对我国仲裁行业以及仲裁机构的发展产生了深刻影响。《仲裁法》第14条规定，仲裁委员会独立于行政机关，与行政机关没有隶属关系，有学者据此认为，1994年《仲裁法》的颁布是“我国国内仲裁制度由原来的行政仲裁向统一的民间性仲裁过渡的里程碑”。[4]然而，我国境内仲裁机构最初设立时多是由行政机关主导，而且基本参照事业单位的规定解决仲裁机构的人员编制、经费、用房，[5]而事业单位作为中国特色，没有对应的国外机构，最早是行政管理体制改革的产物，后来全国事业单位数量越来越多，人员越来越庞大，这都决定了仲裁机构与生俱来的行政化色彩。有学者甚至认为，境内仲裁机构行政化色彩仍然较浓厚，追溯于中华人民共和国成立后仲裁之发展，是以参照苏联行政仲裁制度模式建立的。[6]
近年来，虽然深国仲、海国仲等沿海仲裁机构都选择以弱化管理体制的行政化色彩为改制方向，也取得了明显成效，但从仲裁行业的整体走向来看，仲裁行业的行政化色彩并未褪去。根据《仲裁法》的规定，仲裁委员会没有行政级别，不少地方为加强对仲裁机构的体制内管理，改为对仲裁委员会办事机构实行定级、定编、定岗甚至参公管理。大部分仲裁机构经费来源的主要途径仍然是政府资助，在人事、财务、薪酬等方面皆缺乏相应的自主权。
2014年2月开始在国内仲裁界试点“案件受理多样化、纠纷处理多元化”（以下简称“两化”），将仲裁服务范围逐步扩展到众多领域；2016年10月，时任国务院法制办政府法制协调司司长赵振华明确将“两化”定位为“引领我国仲裁事业发展的总战略”“促进我国仲裁事业发展的总策略”。[7]此即我国仲裁发展史上的“两化”发展时期。[8]《两办意见》将仲裁委员会定义为“提供公益性服务的非营利法人”，并支持将仲裁服务延伸至基层，积极参与基层社会治理，积极参与基层社会纠纷解决。可以预见，大量仲裁机构未来作为政府购买服务的乙方，将配合政府做好化解基层矛盾纠纷、完善社会基层治理工作，行政化色彩可能还会增强。(www.xing528.com)
客观上说，《仲裁法》颁布至今，经过二十多年发展，仍然大量存在政府部门对仲裁机构的行政化管理、仲裁机构内部行政化管理等问题，譬如由国家机关的在职领导或转非领导兼任仲裁机构领导、秘书管理与考核的行政化、财务制度缺乏自主权，不一而足。仲裁机构的行政化必然冲击仲裁制度具有的快捷性、灵活性、独立性等天然特质，进而损害仲裁公信力，故长期以来为仲裁理论界与实务界所诟病。
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