进行增值税的纳税检查，就可能发现企业在增值税的税务处理方面的问题：少缴税或者多缴税。对于少缴税，一般的情况下即为偷税，这就存在补缴的账务处理问题，而如果是多缴税，就需要向主管税务机关申报退税。
（一）补交增值税的账务调整
按照《会计准则》的规定，纳税人在补交增值税后应及时进行账户处理。实际交纳增值税时，应借记“应交税费——应交增值税（已交税金）”，贷记“银行存款”。同时区分不同情况作进一步处理：
1.少记销项税额而补交税款处理
对于纳税人少记销项税额而补交的税款，应借记（或用红字贷记）有关科目，贷记“应交税费——应交增值税（销项税额）”。
2.多记进项税额而补交税款处理
对于纳税人记账时因多记进项税额而补交的税款，应借记（或用红字贷记）有关科目，贷记“应交税费——应交增值税（进项税额转出）”。
3.将不允许抵扣的进项税额作抵扣而补交税款的处理
对于纳税人将不允许抵扣的进项税额作抵扣而补交的税款，应用红字借记“应交税费——应交增值税（进项税额）”；贷记（或用红字借记）相关科目。
4.少记销售额而少交税款的处理
对于纳税人少记销售额而少交的税款，应借记有关科目，贷记“主营业务收入”，贷记“应交税费——应交增值税（销项税额）”科目。
（二）退增值税的账务调整
对于纳税人多交的增值税，只需作如下账务调整：
（1）对于纳税人多计销项税额而多交税款的，用红字借记（或贷记）有关科目，用红字贷记“应交税费——应交增值税（销项税额）”科目。
（2）对于纳税人记账时因少记进项税额而多交税款的，用蓝字补记，借
记“应交税费——应交增值税（进项税额）”科目，贷记（或用红字借记）有关科目。
（3）对于误记已交税金而多交的税款，用红字借记“应交税费——应交
增值税（已交税额）”科目，用红字贷记（或用蓝字借记）有关科目。(www.xing528.com)
（三）根据税务机关的《税务处理决定书》补缴增值税的账务处理
案例10-11
税务稽查人员于2009年2月稽查企业当年增值税缴纳情况，进行账簿稽查时，发现该企业“预收账款”账户贷方余额624780元，金额较大，经进一步深入稽查明细账和有关记账凭证、原始凭证及产品出库单，查明产品已出库，企业记入“预收账款”账户的余额全部是企业分期收款销售产品收到的货款和税款，而没有及时结转产品销售收入。经核实，该批产品的生产成本价为450000元，据此，应作如下调整：
应计应税收入额：624780÷（1+17%）=534000（元）
应补增值税：534000×17%=90780（元）
相关企业的账务处理方法为：
借：预收账款 6247800
贷：主营业务收入 534000
应交税费——增值税检查调整 90780
借：主营业务收入 450000
贷：库存商品 450000
假如上例是对2008年进行纳税检查，则相关企业应当作如下账务处理：
借：预收账款 624780
贷：以前年度损益调整 534000
应交税费——增值税检查调整 90780
借：以前年度损益调整 450000
贷：库存商品 450000
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