在企业设立环节，由于不同性质、不同形式的企业税收负担水平不同，同时也因为新的《企业所得税法》实施不久，人们对有关政策的理解和操作存在差异，所以在实务操作过程投资人容易出现问题。因此，税务机关一般会加强对企业设立环节的纳税检查和评估。
（一）日常操作的常见问题
由于纳税人对现行政策的规定以及政策变化缺乏正确理解，在投资主体设立过程中往往出现各种差错，常见的有以下几种情况：
（1）一人公司按有限公司的税收政策纳税。一人公司应当根据企业所得税法计算纳税，但是，在实务操作环节，由于税务管理工作不到位，或者由于纳税人自己的原因，按照个体工商业户的纳税方法进行税务管理，从而导致少缴税的现象时有发生。
（2）分公司没有与总公司合并纳税。由于分公司应当汇总纳税，所以有关分公司所在地的主管税务机关就对分公司放松管理成为企业所得税的纳税盲点。而这样的分公司往往就利用税务管理的弱点偷税。
（3）与境内有实际联系的收入没有申报或者汇总申报纳税。在境外注册的企业所产生的与境内有实际联系的收入在实务操作过程中往往难以确认，所以，有关企业也不主动申报。
（4）在注册资本上做手脚，虚增注册资金，从而增加折旧的计提，偷逃企业所得税。对于部分投资人来说，虚增注册资金的主要目的不是要偷税，而是为了经营上的需要，或者争取某种操作资格等，但是实际上却增加了资本摊销额，扩大了折旧的计提数额，产生偷逃企业所得税的效果。
（5）对税种认定不清，应当缴纳增值税的却按营业税项目申报纳税等。
（二）税务检查方法
对上述问题的确认，税务机关的检查人员一般会围绕以下内容进行重点检查：
（1）通过对营业执照中公司性质的检查，确认其属于子公司还是分公司。属于子公司的，应当在子公司注册地申报缴纳企业所得税；如果属于分公司，则需要检查其收入和所得是否并入总公司计算缴纳企业所得税，并对其完税情况进行审核和检查。有关具体业务按以下原则处理：
一是总机构设立具有独立生产经营职能的部门，且具有独立生产经营职能的部门的经营收入、职工工资和资产总额与管理职能部门分开核算的，可将具有独立生产经营职能的部门视同一个分支机构，就地预缴企业所得税。具有独立生产经营职能的部门与管理职能部门的经营收入、职工工资和资产总额不能分开核算的，具有独立生产经营职能的部门不得视同一个分支机构，不就地预缴企业所得税。(www.xing528.com)
二是不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等企业内部辅助性的二级及以下分支机构，不就地预缴企业所得税。
三是上年度认定为小型微利企业的，其分支机构不就地预缴企业所得税。
四是新设立的分支机构，设立当年不就地预缴企业所得税。
五是撤销的分支机构，撤销当年剩余期限内应分摊的企业所得税款由总机构缴入中央国库。
六是企业在中国境外设立的不具有法人资格的营业机构，不就地预缴企业所得税。企业计算分期预缴的所得税时，其实际利润额、应纳税额及分摊因素数额，均不包括其在中国境外设立的营业机构。
七是总机构和分支机构处于不同税率地区的，先由总机构统一计算全部应纳税所得额，然后依照国税发[2008]第028号文件第十九条规定的比例和第二十三条规定的3个因素及其权重，计算划分不同税率地区机构的应纳税所得额后，再分别按总机构和分支机构所在地的适用税率计算应纳税额。
八是总机构和分支机构2007年及以前年度按独立纳税人计缴所得税尚未弥补完的亏损，允许在法定剩余年限内继续弥补。
（2）检查纳税人在工商行政管理部门进行登记时所确认的经营主体的性质，即检查其营业执照的内容。重点检查股东的构成情况和企业的性质，如果属于有限责任公司就是企业所得税的纳税人，应当督促有关企业申报缴纳企业所得税。具体操作中还可以通过企业的名称进行分辨，如看企业的名称是否具有“公司”字样，凡有“公司”字样的企业都应当按公司的法律规定进行管理，要求投资人按《企业所得税法》计算缴纳所得税，对其投资分红则还要计算缴纳个人所得税。
（3）检查境内企业的境外投资、境外投资人在境内设立机构或者视同设立机构的收入和所得的纳税情况。对该事项的检查需要到企业的生产和经营场所的现场进行调查，主要检查有关企业的注册地点、实际生产和经营场所以及管理和控制的场所，查看企业有关的内部控制和管理业务流程、业务合同、账册凭证的记载等情况，从而明确其纳税业务。
（4）检查纳税人的所得税认定和缴纳情况。通过对有关税务认定手续的检查，如软件企业的资质认证手续、高新技术企业的认定手续、小型企业的所得税预缴手续等，明确纳税人的纳税义务的履行情况是否正确。
（5）到企业的现场查看企业的生产和经营情况是否与投资规模相适应，了解投入资产的构成和运用情况，以便确认投资人是否利用不相关的资产作虚假的投资注册等。
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