这是分析和评价内部控制的关键所在，只有全面、彻底地了解其局限及当前存在的主要问题，才能切实提出加强内部控制的有力措施。
（一）内部控制固有的局限
内部控制只能为管理人员达到其目的提供合理的保证，因为内部控制有其固有的局限，即管理当局在制定制度时，许多无法预料的因素及内部控制本身就无法控制，例如：
（1）内部控制只适用于正常且经常反复出现的业务事项，而不能对例外事项进行控制。如政策变化引起的涉税风险属于输入式风险，仅靠企业内部机制很难规避。
（2）对于工作人员因侥幸心理、精力不集中、身体欠佳、判断失误或误解涉税政策而造成的人为错误无能为力。
（3）内部控制由于受到控制成本的限制，往往拒绝外部的帮助。
（4）当工作人员合伙舞弊和内外串通共谋时，内部控制也无法奏效。
（5）当管理人员滥用职权或不能正确使用权力时无法控制。
（6）因政策发生变化，原来制定的业务流程过时失去效果时，也无法控制错误或弊端的发生。(www.xing528.com)
尽管管理当局力争取得有效的控制效果，但由于上述及其他限制因素存在，内部控制不可能完美无缺。
（二）当前企业内部控制存在的一些问题
从业务分工的角度讲，目前，多数企业是将税务管理工作放在财务部门的。但是，一些企业的财务内部控制还很不到位，如：财务内部控制尚未形成覆盖各个部门和环节的系统，还有薄弱点和空白点；财务规章、制度和操作规程的贯彻落实不够，互相衔接也不够严密；管理力度层层递减，管理效应层层弱化，等等。这仅仅是从静态的角度来分析，如果从动态的角度分析，经济活动不断变化，要求企业有很强的适应性，体现原则性的内部控制在灵活性要求面前就显得很被动。况且，理论上忽视对企业财务内部控制及其风险的研究，误导财务管理，在实际工作中则必然表现为财务内部控制的疏忽和松懈。具体说来：
（1）企业决策层重经营、轻管理，而管理层则重开发、轻内部管理，甚至把财务内部控制和涉税风险规避仅仅看成是财务管理部门的事，没有把财务内部控制放在整个企业经营管理的策略高度来考虑。
（2）有的企业虽有为数不少的财会规章制度，但仅是纸上谈兵，流于形式，并未得到切实的贯彻执行。而财务部门又往往重视凭证的汇集、报表的编制等工作，对税务管理只是停留在开票、抄税和申报等应付税务机关的强制管理的要求上。
（3）忽视财务内部稽核和内部审计的作用。有的企业没有财会部门的稽核，有的内部稽核不规范、未形成制度，有的内审只是为了防“家贼”，至于偷税和多缴税的问题则少有人问津。
（4）在日常涉税风险控制方面，立足于关门自己解决问题，而忽视外聘专家服务，导致一些业务流程之外的问题得不到解决，一些事故隐患长期得不到发现。
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