也有学者对宗教矫正的积极功能提出了质疑，这些质疑主要集中于宗教在矫正活动中与世俗矫正方法交织在一起难以区分、再犯率与宗教正相关关系是否准确、宗教矫正的普遍适用性和宗教矫正是否是矫正罪犯的最佳方式四个方面：
（1）宗教在矫正过程中的作用难以得到准确的区分和量化。在罪犯参与的各种宗教矫正活动中，牧师等神职矫正人员会结合宗教和世俗的方式对罪犯进行矫正，因而难以区分是宗教还是世俗的方法发挥了有效矫正的作用。如在罪犯辅导中，牧师通常采用宗教的各种教义，如基督教的十诫戒律让罪犯认识到犯罪思想和行为是错误的，为了让罪犯实现行为的转变也会运用心理咨询的方式促进罪犯进行悔罪。类似这种宗教戒律和世俗心理辅导双重方法的运用，的确难以将矫正的积极效果全部归结为宗教矫正活动。
（2）目前对罪犯再犯率的降低和宗教矫正的正相关关系的研究，没有对罪犯参与其他矫正活动的统计，例如，罪犯参加技能培训等的统计，因为无法排除其他矫正手段对再犯率降低的正相关关系。此外，对于宗教和监狱关系的研究有限，研究的样本量也有限，因此难以全面展现宗教在监狱中发挥的作用。[35]
（3）宗教矫正的成本低廉主要依托于大量免费的志愿者。例如，在基督教的教义中要求通过教徒对神进行侍奉，通过礼拜和各种方式以达到，而参与监狱志愿者活动是侍奉上帝的一种形式。这样的志愿者在其他类型的宗教中并没有明确的规定和要求，因此低廉的成本缺乏普适性，难以保证在非基督教地区仍然能进行，同时即使在基督教地区，也无法完全保障长期、持续、有效而低廉的志愿者服务。(www.xing528.com)
（4）宗教矫正是否是最佳矫正方法并没有相关的实证研究证实，很多罪犯并没有宗教信仰，只是为了得到参加宗教矫正活动可以得到的各项便利，因此宗教矫正的有效性还需要更多的研究去证实。此外，宗教矫正和其他的矫正方式的各项对比研究也有所欠缺。
尽管存在上述质疑，但主流观点仍然支持宗教矫正的积极功能和作用。由于人身自由受限、监狱压抑隔离的环境和刑满释放后回归正常生活较为困难等原因，罪犯大多觉得前途暗淡、生活无望，而宗教矫正最大的功能就在于能够向身陷囹圄的罪犯提供希望，并改进其生活和行为方式。宗教经典典籍多宣扬爱、救赎等基本教义，告知信仰者要遵循或者避免某些特定规则和行为。这些规则是基本的伦理道德准则，教导如何地“更好”地生活，探求新的生活方式，避免误入歧途、自毁或者走向罪恶的行为，有利于罪犯离开监狱后回归社会的生活。
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