食品原料污染分为生物性污染及化学性污染，根据其来源不同危害控制也有所不同。
1.生物性污染控制
生物性污染是指有害的病毒、细菌、真菌以及寄生虫污染食品。属于微生物的细菌、真菌是人的肉眼看不见的。鸡蛋变臭，蔬菜烂掉，主要是细菌、真菌在起作用。细菌有许多种类，有些细菌如变形杆菌、黄色杆菌、肠杆菌可以直接污染动物性食品，也能通过工具、容器、洗涤水等途径污染动物性食品，使食品腐败变质。真菌的种类很多，有5万多种。很早以前即为人类所用的霉菌，就是真菌的一种。现在，人们吃的腐乳、酱制品都离不开霉菌。霉菌中百余种菌株会产生毒素，毒性最强的是黄曲霉毒素。污染食品的寄生虫主要有蛔虫、绦虫、旋毛虫等，这些寄生虫一般都是通过病人、病畜的粪便污染水源、土壤，然后再使鱼类、水果、蔬菜受到污染，人吃了以后会引起寄生虫病。
主要控制措施：
（1）微生物（细菌与细菌毒素、霉菌与霉菌毒素）
①充分加热：如罐头工艺中的杀菌。
②控制产品的pH。
③改变水分活度值（AW0.85以下），但不能保证完全控制。
④控制保存温度（冷藏）以及时间（巴氏消毒后冷藏于3.3℃或10℃）。
⑤食品中增加食盐或亚硝酸盐；严格按照卫生操作程序（即SSOP）进行加工。
（2）寄生虫（包括虫卵，指病人或病畜的粪便间接或直接污染食品）
①速冻-35℃以下18h，-18℃以下7d。(www.xing528.com)
②其他方法也能杀死寄生虫，如加热、挑选并去除动物体内的寄生虫（不能完全控制）。
③屠宰厂对原料进行严格的宰前宰后检疫检验，肉制品加工厂对原料肉的来源进行控制。
（3）昆虫（甲虫、螨类、蛾、蝇、蛆）严格按照卫生操作规范（即SSOP）进行加工。
（4）病毒（肝炎病毒、脊髓灰质炎病毒、口蹄疫病毒）
①食用前进行充分加热并防止二次污染。
②通过SSOP来控制。
2.化学性污染
农药残留污染：目前世界各国的化学农药品种有1400多个，作为基本品种使用的有40种左右，按其用途可分为杀虫剂、杀菌剂、除草剂、植物生长调节剂、粮食熏蒸剂等；按其化学成分为有机氯、有机磷、有机氟、有机氮、有机硫、有机砷、有机汞、氨基甲酸酯类等。另外，还有氯化苫、磷化锌等粮食熏蒸剂。农药除了可造成人体的急性中毒外，绝大多数会对人体产生慢性危害，并且都是通过污染食品的形式造成。农药污染食品的主要途径有以下几种：一是为防治农作物病虫害使用农药，喷洒作物而直接污染食用作物；二是植物根部吸收；三是在空中随雨水降落；四是食物链富集；五是运输贮存中混放。几种常用的、容易对食品造成污染的农药品种有有机氯农药、有机磷农药、有机汞农药、氨基甲酸酯类农药等。农药污染的主要控制措施为，不用禁用药物并严格执行停药期。
兽药残留主要来源于兽医治疗用药、饲料添加用药，如抗生素、磺胺类、抗寄生虫药、促生长激素、性激素。需加强用药规范，在收购原料时需养殖者提供必要的证书，以及用药程序和记录，对产品也应加强检测。
工业污染物重金属、氰化物、多氯联苯、二
英等污染，对水产品的影响尤其明显。因此需保证水产原料必须来自安全开放的水域，且能够通过质量保证来控制其污染来源；每批原料应附有证书，说明鱼类不是来自可能使鱼体中的化学污染物超过规定限量的已被化学污染的水域内。动物养殖过程中应控制饲料添加剂、水源、垫料等；其他动植物种植或养殖的环境要处于无污染的环境中；对产品加强检测。
工厂本身也存在一些化学物质污染的可能性，如工厂使用的清洁剂、润滑油、消毒剂、涂料、燃料、油漆、杀虫剂、灭鼠药、化验室用的药品等。生产过程要严格执行SSOP。
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