在各泵站完成充水后，全系统将转入正常运行状态。系统正常运行时的输水调度应满足下列要求：
（1）在正常运行过程中，总干一、二级泵站为串连运行。两站的抽水流量自行平衡，流量将随着万家寨水库水位的变化而变。
（2）万家寨水库8～9月排沙期，水库水位在952～957m之间，水流含沙量大，引黄工程不引水，规划考虑每年10月1日至次年7月31日为引黄工程的引水期，引水期如遇含沙量过大，也可考虑适当停几天水。
（3）根据引水规划，引黄一期工程设计年引水量为3.2亿m3，设计引水流量12.9m3/s。设计引水天数290天，在引水期内尚有15天空余，可以作为事故或其他原因停止引水或减少引水流量的时间补偿。
（4）引水期万家寨水库的水位在957～980m之间变化，这也是泵站运行的水位，引水期水库的加权平均水位为971.8m，为泵站的设计引水位。
（5）由于水库水位的变化，总干一、二级站水泵的抽水流量有时大于设计流量，有时小于设计流量，在此情况下总干一、二、三级站之间的流量平衡主要通过申同嘴水库来调节，申同嘴水库始终按总干三级站抽水的要求入水。当申同嘴水库蓄满时，总干一、二级站各较总干三级站少开一台泵，由于减少开一台泵的水量由申同嘴水库补给。当水库水位放至最低运行水位时，总干一、二级站各较总干三级站多开一台泵。多余的流量存在水库中，如此循环，以解决总干一、二级站与下游各级泵站的流量平衡。(www.xing528.com)
（6）申同嘴水库在正常运行中，根据系统要求的输水流量，并与下游泵站抽水特性相适应，由开始的流量不平衡状态逐步调整到平衡状态，并使系统处于最佳运行状态，即不弃水，能耗小。为此，申同嘴水库下放的流量要根据下游各级泵站运行情况的信息反馈，及时加以调整，申同嘴水库出口闸还要根据水库水位的升降随时调整闸门的开度。
（7）系统输水流量的增减，通过增加或减少水泵运行的台数来实现。当系统要求增加输水流量时可由总干一级站开始，逐步往下游增加开机的台数，当系统要求减少流量时，同样由上游各级泵站开始逐步往下减少开机的台数。对正常运用，不论增加开机或停机都需要逐台开停。开停的时间通过计算确定。开机过程的计算原则是系统不弃水，泵站前池的水位降幅最小，以保证水泵有必须的淹没深度。为此，在增加开机时，当上一级来水到达本站后，前池水位平稳溢流。当减少开泵台数时，可在本站前池水位降低到允许最低水位时才停泵。
（8）南干和北干输水流量的分配通过下土寨分水闸进行调节，第一期工程在北干未通水的条件，分水闸一般不作为调节流量用。在总干三级站下放的流量大于南干一级站的抽水能力时，南干闸门可以短时用来控制下泄流量。将多余的水存蓄在闸上总干11号隧洞内。待总干三级泵站减小下放流量后逐步消化。
（9）为保证整个输水系统的安全、稳定及经济运行，输水系统将至少包括下列实时监视和控制功能：①沿线泵站前池和出水竖井水位的观测；②主要控制点的流量观测、泵站每台机组的流量观测。
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