1.芽孢杆菌属（Bacillus）
革兰氏阳性，菌体杆状，直或接近直，大小为（0.3～2.2）μm×（1.2～7.0）μm，通常成对或链状排列，具有圆端或方端。多数运动，鞭毛典型侧生，形成抗热内生孢子，在一个孢子囊细胞中孢子不多于1个。有机化能营养，能利用各种底物进行严格的呼吸代谢，严格的发酵代谢或呼吸和发酵二者兼有的代谢。在呼吸代谢中，最终的电子受体是分子氧，在某些种中可以用硝酸盐代替氧。大多数种产接触酶。严格好氧或兼性厌氧。DNA的（G+C）含量为32%～62%。模式种为枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）。
芽孢杆菌属的种可分为两大群。第一群包括22种，普遍认为它们是可区分的群体。主要包括枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）、短小芽孢杆菌（Bacillus pumilus）、地衣芽孢杆菌（Baclicus lincheniformis）、蜡状芽孢杆菌（Bacillus cereus）、炭疽芽孢杆菌（Bacillus anthraci）、苏云金芽孢杆菌（Bacillus thuringiensis）、巨大芽孢杆菌（Bacillus megaterium）、多粘芽孢杆菌（Bacillus polymyxa）、浸麻芽孢杆菌（Bacillus macerans）、环状芽孢杆菌（Bacillus circulans）、嗜热脂肪芽孢杆菌（Bacillus stearothermophilus）、凝结芽孢杆菌（Bacillus coagulans）、蜂房芽孢杆菌（Bacillus alvei）、坚硬芽孢杆菌（Bacillus firmus）、侧孢芽孢杆菌（Bacillus laterosporus）、短芽孢杆菌（Bacillus brevis）、球形芽孢杆菌（Bacillus sphaericus）、巴氏芽孢杆菌（Bacillus pasteurii）、苛求芽孢杆菌（Bacillus fastidious）、幼虫芽孢杆菌（Bacillus larvae）、乳状芽孢杆菌（Bacillus popilliae）和缓慢芽孢杆菌（Bacillus lentus）等。第二群包括26种，但迄今还未获得广泛承认。
该属菌广泛存在于土壤、水、植物表面及其他环境中，通常在粮食、食品中最多。本属菌大多数是食品常见的腐败菌，某些菌种污染食品后导致食品腐败变质，并引起食物中毒，如蜡状芽孢杆菌（Bacillus cereus）、枯草芽孢杆菌（Bacillus subtilis）、凝结芽孢杆菌（Bacillus coagulans）和嗜热脂肪芽孢杆菌（Bacillus stearothermophilus）。但本属菌具有较强的产生蛋白酶的能力，可作为生产蛋白酶的工业菌种。另外，炭疽芽孢杆菌是毒性较强的病原菌，能引起人畜患炭疽病。
2.梭菌属（Clostridium）
革兰氏阳性，细胞呈杆状，大小为（0.3～2.0）μm×（1.5～2.0）μm，常成对或短链状排列，两端钝圆或渐尖。一般以周生鞭毛运动，很少不运动。形成卵圆形或球形孢子，一般孢子使杆状菌体膨大。有机化能营养，进行发酵代谢，能分解葡萄糖等多种糖类，某些能分解蛋白质。发酵糖类产生各种有机酸，如乙酸、丁酸及少量的乙醇和丙醇，产生O2和H2。严格厌氧或微需氧，接触酶反应阴性。DNA中（G+C）含量为23%～43%。模式种为丁酸梭菌（Clostridium butyricum）。
梭菌属依据孢子位置和明胶液化的情况分成4群。(www.xing528.com)
第一群孢子次端生且不水解明胶，主要包括丁酸梭菌（Clostridium butyricum）、拜氏梭菌（Clostridium beijerinckii）、乳清酸梭菌（Clostridium oroticum）、直肠梭菌（Clostridium rectus）、类产气荚膜梭菌（Clostridium paraperfringens）、红色梭菌（Clostridium rubrum）、谲诈梭菌（Clostridium fallax）、巴氏梭菌（Clostridium pasteurianum）、斯氏梭菌（Clostridium sticklandii）、酪丁酸梭菌（Clostridium tyrobutyricum）和丙酸梭菌（Clostridium propionicum）等。
第二群孢子次端生且水解明胶，主要包括戈氏梭菌（Clostridium ghoni）、双酶梭菌（Clostridium bifermentans）、索氏梭菌（Clostridium sordellii）、象牙海岸梭菌（Clostridium lituseburense）、泥渣梭菌（Clostridium limosum）、近端梭菌（Clostridium subterminale）、芒氏梭菌（Clostridium mangenotii）、生孢梭菌（Clostridium sporogenes）、肉毒梭菌（Clostridium botulinum）、创伤梭菌（Clostridium plagarum）、丙酮丁酸梭菌（Clostridium acetobutylicum）、溶组织梭菌（Clostridium histolyticum）、金黄丁酸梭菌（Clostridium aurantibutyricum）、诺氏梭菌（Clostridium novyi）、产气荚膜梭菌（Clostridiumperfringens）、溶血梭菌（Clostridium hemolyticum）、费新尼亚梭菌（Clostridium felsineum）、肖氏梭菌（Clostridium chauvoei）、败毒梭菌（Clostridium septicum）、艰难梭菌（Clostridium difficile）等。
第三群孢子端生且不水解明胶，主要包括楔形梭菌（Clostridium sphenoides）、吲哚梭菌（Clostridium indolis）、粪味梭菌（Clostridium scatologenes）、坏名梭菌（Clostridium malenominatum）、第三梭菌（Clostridium tertium）、煎盘梭菌（Clostridium sartagoformum）、产纤维二糖梭菌（Clostridium cellobioparum）、热解糖梭菌（Clostridium thermosaccharolyticum）、类破伤风梭菌（Clostridium pseudotetanicum）、肉梭菌（Clostridium carnis）、类腐败梭菌（Clostridium paraputrificum）、氨基戊酸梭菌（Clostridium aminovalericum）、乙二醇梭菌（Clostridium glycolicum）、球孢梭菌（Clostridium sporosphaeroides）、匙形梭菌（Clostridium cochlearium）、多枝梭菌（Clostridium ramosum）、无害梭菌（Clostridium innocuum）、巴氏梭菌（Clostridium barkeri）和多年生梭菌（Clostridium perenne）等。
第四群孢子端生且水解明胶，主要包括尸毒梭菌（Clostridium cadaveris）、缓腐梭菌（Clostridium lentoputrescens）、腐败梭菌（Clostridium putrificum）、海梭菌（Clostridium oceanicum）、破伤风梭菌（Clostridium tetani）和腐化梭菌（Clostridium putrefaciens）等。
本菌属细菌在自然界分布广泛，常存在于土壤、人和动物肠道以及腐败物中。多为腐物寄生菌，少数为致病菌，能分泌外毒素和侵袭性酶类，引起人和动物致病。临床上有致病性的梭状芽孢杆菌主要是某些厌氧芽孢杆菌（anaerobic sporeforming bacilli），如破伤风梭菌（Clostridium tetani）、产气荚膜梭菌（Clostridium perfringens）和艰难梭菌（Clostridium difficile）等，分别引起破伤风、气性坏疽和伪膜性结肠炎等人类疾病。该属菌污染发酵的豆类、麦制品、牛肉、羊肉等肉类食品，还可以污染鱼类、奶制品、水果罐头等。其中肉毒梭菌（Clostridium botulinum）具有极大的毒性，能产生较强的毒素，是肉类罐头中最重要的病原菌。热解糖梭菌（Clostridium thermosaccharolyticum）是分解糖类的专性嗜热菌，常引起蔬菜、水果和罐头等产气性变质，是食品加工中最难杀灭的污染菌之一。腐败梭菌（Clostridium putrificum）能引起蛋白质类食品发生腐败变质。
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