在农业生产环节中，农业投入品如农药、化肥及抗生素的滥用使生态平衡遭到破坏。一些病虫的抗药性增强，使得动植物病虫害的防治难度加大，其结果是生产者为了追求产量，往往投入更多的添加剂、农药和化肥，这种恶性循环造成食品中有害化学物质残留问题日趋严重。食品在供应体系的源头受到污染，从而造成食品质量安全问题。食品中的有害残留物，由于长期而少量地进入人体，所以它对健康的危害往往是日积月累的，在很久以后才能被发现。我国在20世纪80年代就明令禁止在粮食作物和水果、蔬菜中使用“六六六”和“敌敌畏”，但是，土壤里残留的这两种农药还是进入了食物链，在我们的食物中，其含量高于发达国家的几十倍，这些残留物不易被分解，进入人体后会长期蓄积存在，构成潜在的危害。
1.重金属污染
造成土壤污染的重金属主要是指生物毒性显著的汞、镉、铅、铬，以及类金属砷，还包括具有毒性的重金属锌、铜、钴、锡等污染物，重金属的污染物通过各种途径进入土壤，造成土壤严重污染。重金属对食品安全性的影响十分严重，从这一点上讲，充分认识土壤重金属污染的长期性、隐匿性、不可逆性以及不能完全被分解或消逝的特点，进行重金属污染的治理，已经成为世界各国广泛重视的问题。工业污染以及农业生产中大量盲目使用化学肥料和农药所造成的土壤污染，使得农田中重金属污染问题日趋严重。
2.农药污染
农药是重要的农业生产资料，农药不仅可以有效控制病虫害，消灭杂草，提高农作物产量和质量，而且可以减轻劳动强度，降低人工费用。但是化学农药是有毒有害物质，如果不能合理使用则会产生残留问题，污染环境和农产品，危害人体健康。自20世纪40年代“敌敌畏”问世以来，化学农药进入极盛时期；60年代有机氯农药高残留和污染环境问题被陆续曝光，而后发展的有机磷农药和氨基甲酸酯农药的高毒产品在生产和使用上也被证实均不安全。70年代中期出现了超高效农药，拟除虫菊酯类农药成为其中一种，这类农药药效比有机磷和氨基甲酸酯类农药高5—20倍，甚至百倍；杀菌剂和除草剂中也出现了一些超高效产品。虽然施用量小，毒性、残留和污染问题减轻了，但由于这类农药对病菌、害虫、杂草等有更高的杀伤作用，因而其也会对哺乳动物产生不同程度的伤害。
3.兽药污染
兽药在养殖业生产中过量使用，特别是滥用和不遵守休药期的有关规定，是造成食品兽药残留指标超标的主要原因。如今大量的抗生素被应用于畜禽疾病的预防和治疗。抗生素的大量应用，导致其在食品中大量残留，直接影响着食品的安全。特别是为了防治动物疾病而使用抗生素，从而导致的耐药菌株传递给人类的问题近来引起了人们的关注。
随着我国动物源性食品市场的不断扩大，受经济利益的驱使，大量滥用激素促动物生长的现象变得相当普遍，而且一些养殖户非法使用违禁激素。如果长期食用这些残留有少量激素的食品，对人体内激素平衡可能会造成潜在的威胁，进而影响身体健康，如导致儿童性早熟，内分泌相关的肿瘤生长发育障碍，出生缺陷，生育缺陷等，详见以下案例。[10](www.xing528.com)
案例一
2011年央视“3·15”特别行动节目，抛出一枚食品安全重弹，曝光了双汇在食品生产中使用“瘦肉精”猪肉。新闻曝光的河南省济源双汇食品有限公司位于河南省济源市，是河南双汇集团下属的分公司，主要以生猪屠宰加工为主，有自己的连锁店和加盟店。据销售人员介绍，他们店里销售的猪肉基本上是济源双汇公司屠宰加工的，严格按照“十八道检验”正规生产，产品品质可靠，然而，按照双汇公司的规定，十八道检验并不包括“瘦肉精”检测，风波一起，双汇股价午后一路下行至跌停。
“瘦肉精”学名盐酸克伦特罗，曾用于治疗支气管哮喘，由于其对心脏的副作用大而被禁用。含有盐酸克伦特罗的饲料进入动物体内，能够改变营养的代谢途径，促进动物肌肉，特别是骨骼蛋白质的合成，抑制脂肪的合成和积累，从而使生长速度加快，瘦肉相对增加。一般来说，饲料中添加适量盐酸克伦特罗后，可使饲料转化率、生长速率、酮体瘦肉率提高10%以上，所以有人干脆称它为“瘦肉精”。人食用了含有“瘦肉精”的猪肉后会出现头晕恶心，手脚颤抖，心跳甚至心脏骤停导致昏迷死亡等症状，特别对心律失常、高血压、青光眼、糖尿病和甲状腺功能亢进等患者有极大危害。
案例二
“红心鸭蛋”事件
2006年11月12日，央视“每周质量报告”报道，在北京市场上一些打着白洋淀“红心”旗号的鸭蛋，宣称是在白洋淀水边散养的鸭子吃了小鱼小虾后生成的。而根据央视随后的调查，这些“红心”鸭蛋产自河北石家庄平山县、井隆县一些养鸭户和养鸭基地。他们在鸭子吃的饲料里面添加了一种“红药”，这样生出来的鸭蛋呈现鲜艳的红心，“红心”鸭蛋比普通鸭蛋每千克能够多卖出2毛钱，当地人把这种加了红药的蛋称为“药蛋”，自己从来不吃。经过中国检验检疫科学院研究所的检测，结果发现这些鸭蛋样品含有偶氮染料苏丹红，含量最高达到了0.137毫克/千克，相当于每千克鸭蛋里面含有0.137毫克。事件曝光之后生产红心鸭蛋养殖户的蛋鸭及鸭蛋已全部被销毁。农业部在全国范围内组织了禽蛋饲料和蛋禽养殖场苏丹红专项检查，又查出一批使用苏丹红的养殖户和养殖场。苏丹红学名叫苏丹偶氮系列化工合成染色剂，主要应用于油彩、汽油等产品的染色，共分为1号，2号，3号，4号，都是工业染料，比起苏丹红1号，苏丹红4号不但颜色更加红艳，毒性也在加大。国际癌症研究机构将苏丹红4号列为三类致癌物之一，其初级代谢产物，邻氨基偶氮甲苯和邻甲基苯胺均列为二类致癌物。
据世界卫生组织统计，全球每年5岁以下儿童腹泻病例达15亿例次，造成300多万名儿童死亡，其中，70%是各种致病微生物污染的食品和饮水所致。[11]因此，致病菌被世界卫生组织列为当前影响全球食源性疾病[12]问题的头号凶手，即使发达国家也是如此，它在带来现实危害的同时，还伴生新的风险，不仅会发生变异，而且还会改变自己的基因来抵御抗生素，产生新的危险。多年来，我国卫生部门通过全国定点医院的食物中毒网络直报系统，按月度、季度、年度统计全国食物中毒数据，并按照导致食物中毒的原因，分为微生物性中毒、化学性中毒、有毒植物中毒和不明原因中毒。从卫生部门接到的全国食物中毒报告数目上看，因微生物性食物中毒的报告起数和人数居第一位。因此，从对公众健康危害的影响来看，食物安全中最大的危害因素来自致病菌等微生物。
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