为了解清香型白酒发酵过程中酒醅中主要微生物及其作用，以便更好地控制发酵工艺，山西汾阳杏花村汾酒集团有限责任公司李增胜、任润斌开展对这方面的研究。
汾酒发酵是酵母、霉菌和细菌等多种微生物的共同作用。酵母菌类中主要有酵母菌属、拟内孢霉、汉逊酵母和假丝酵母；霉菌类中主要有梨头霉、黄曲霉、米曲霉、根霉、毛霉和红曲霉；细菌类中主要有乳酸菌、醇酸菌、芽殖杆菌（革兰氏阳性）和革兰氏阴性芽孢细菌。
（一）酵母菌类及其分离和鉴定
酒醅中酵母菌类以酵母菌属为主，产酒精能力最强，其次是有一定产香和产酒精能力的汉逊酵母和假丝酵母及产酒精能力不强的拟内孢霉，此外还有极少量的毕赤酵母和产膜酵母。
酵母菌属、汉逊酵母和拟内孢霉都属于原子囊菌亚纲、酵母目、拟内孢霉各属，假丝酵母是属半知菌类的稳球酵母科各属。
它们的一般特征、生理和生化活性从大曲的生化数据可看出，酵母菌属产酒精力虽不高，但仍是汾酒中的主要酵母菌，汉逊酵母除酒精发酵外，还可生成许多有机酸，能形成较多的酯（以乙酸乙酯为主），构成汾酒芳香成分之一，在汾酒风味中起到重要作用，汉逊酵母的发酵力仅低于酵母属，但耐酒精力都较强，适应汾酒的发酵条件。
（二）霉菌类
1.梨头霉：菌落浅灰色至青灰色，孢子囊柄由匍匐枝生出，假根侧生，孢子囊洋梨形，有显著囊基，糖化力不高，但酒醅中软量最多，因此，仍可看作是汾酒酿造中的主要糖化菌。
2.黄、米曲霉群：其中黄曲霉为深绿色，米曲霉为浅黄色至黄绿色，因此黄、米曲霉群菌落为黄绿色，分生子柄粗糖或生突起，顶端膨大，膨大的上部放射着瓶形小梗，上面着生一串分生孢子。分生孢子粗糙圆形或椭圆形，其糖化力、液化力、蛋白分解力都很高，但因为酒醅中数量远较梨头霉少，故只能认为是次要糖化菌。(https://www.xing528.com)
3.根霉：菌丝无隔膜，具有孢子囊、假根和匍匐枝。孢子囊柄单生或丛生，与假根对生，孢子囊顶端膨大部分为中轴，孢子囊孢子内生，多数根霉有厚垣孢子，其糖化力和液化力都较强，但在酒醅中含量不多，故其糖化作用不大。
4.毛霉：菌丛较低，菌丝整齐，有光泽，灰褐色或黄褐色，有匍匐枝，无假根，营养菌丝生较多的厚垣孢子，在酒醅中数量极少。
5.红曲霉：其特征为红色的被子，圆形至近圆形，无性生殖形成分生子。糖化力小，产酸力强，有微弱的酒精发酵作用，耐酸力和耐酒精力都很强，在发酵过程中始终能发育繁殖。
（三）细菌类
汾酒酒醅中主要细菌如乳酸菌、醇酸菌、芽孢杆菌和革兰氏阴性无孢子杆菌，这些细菌对汾酒风格起了一定作用。但如果大量繁殖，则会引起酸败产生不良影响。
1.乳酸菌：乳酸菌杆状或球状，后者单个存在，成双或短链，革兰氏染色阳性，一般乳酸球菌菌落小，呈圆形至双凸透镜形。乳酸杆菌菌落较大，为圆形、扁平或凸起，灰白色，带光译，边缘楂齐，阳性菌酒醅中存在最多的是足球菌菌落周围出现碳酸钙溶解区，大多数乳酸菌不产生过氧化氢酶，能利用各种菌类生成乳酸，是汾酒发酵中的主要细菌。
2.醇酸菌：菌落圆形白色，半透明凸起，周围有明显碳酸钙溶解圈，革兰氏阴性细菌，短杆或球杆，有过氧化氢酶，能利用葡萄糖产酸，氧化乙醇产生醇酸，有部分菌能把醇藏进一步氧化成CO2和水，微量的醇酸对调节酒味和酒香有益，但过量对酒质不利。
3.芽孢杆菌：菌落较大，中间稍凸，向四周扩散，边缘不整齐，白色粉状，表面干燥，革兰氏阴性杆菌，单个、成双或短链有芽璋，多数生在中间，其中主要是枯草芽孢杆菌，有水解淀粉，分解蛋白质的能力，V.P 反应阳性，产膜，能产生双乙酰与2，3-丁二醇，这些物质对增加汾酒的绵甜与清香有一定作用，故芽孢杆菌仍看作是汾酒发酵的有益菌。
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