淡水透镜体的管理与保护必须有相应的法律、法规与之配套，并有主责机构负责执行，才能使各种保护措施得以实施。许多国家建立了国家和区域级的二级管理机构，负责全国和地区的水污染控制和水资源保护与管理、协调工作，如加拿大、美国、法国等都建立了统一的管理机构。加拿大在20世纪60年代以前，主要由地方一级进行水质管理，1971年成立环境部，进行统一管理。法国在全国设立了6个流域管理局，并以此为基础建立了全国水质委员会，负责全国和流域内的水污染控制与水资源保护。一些太平洋岛国（包括多个岛屿），水资源的保护和管理由岛上与政府有关部门相联系的下属机构负责。
我国1988年颁布了《水法》，明文规定：“国家对水资源实行统一管理与分级、分部门管理相结合的制度。”2002年又颁布了新的《水法》，规定：“国家对水资源实行流域管理与行政区域管理相结合管理体制。”国务院设立水行政主管部门（水利部）负责全国水资源的管理与保护工作，下设国家确定的重要江河、湖泊流域管理委员会和各省、地、县水利厅、局，负责所辖区域内水资源的统一监管和保护工作。在我国现行的水资源管理与保护体制下，借鉴国外经验，可在一些较大的岛上设立相应的职能机构，负责本岛或群岛或邻近岛屿水资源的保护与管理工作。(www.xing528.com)
水资源管理法律法规是水资源管理与保护的依据和保证。我国于1984年颁布了《中华人民共和国水污染防治法》，1988年颁布了《中华人民共和国水法》，1991年颁布了《中华人民共和国水土保持法》，2000年颁布了《中华人民共和国水污染防治法实施细则》，2002年又颁布了新修订的《中华人民共和国水法》。这一系列水资源保护的法律文件，使我国水资源的保护有法可依，走上了法治化的轨道。根据国家颁布的这些法律文件，结合珊瑚岛水文地质及其所处海洋环境的特点和淡水透镜体的异常脆弱性，制定针对性的法律、法规是十分必要的。例如，在取水阶段，建立取水许可证制度、水资源费征收管理办法、建立项目水资源论证管理办法等调控手段，以加强管理；在用水阶段，制定用水定额，大力节水，充分发挥水价在用水上的杠杆作用。在开源方面，要考虑雨水利用、污水回用、海水淡化和岛外调水等综合措施；在治污方面，考虑集中治污、达标排放等措施。使取水、供水、用水、节水、水资源保护、污水处理等涉水事务都在法律、法规的框架下运行，实现水资源的科学开发、高效利用和有效保护。
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