水资源在利用过程中排放的废、污水对地表水或地下水体造成污染，严重的会使水源失去使用价值，为此要对水质进行管理，即通过调查污染源，实行水质监测，进行水质调查和评价，制定有关法规和标准，制订水质规划等。
水资源的数量和质量是不可分割地联系在一起的。水体的总特性反映在包括化学、物理、生物和生态的参数中，而自然和人为的活动也直接对水质产生不可忽视的影响，诸如土地利用、工农业生产活动、人类的经济和生活活动、水土流失、森林采伐等都对地表水和地下水体中水质产生影响。对水资源在总体上采取对水量和水质的控制和管理，也是保持水资源可持续开发利用的一个很基本的方面。
水质管理的目标是注意维持地表水和地下含水层的水质是否达到国家规定的不同要求标准，特别要保证饮水水源地不受污染，以及风景游览区和生活区水体不致发生富营养化和变臭。
（一）水质管理措施
为达到上述目的，必须有相应的措施保证，这包括以下几点：
（1）加强对水资源的监测和信息收集。监测主要指通过对定点（监测站）或河段有关水量和水质变化的监测，包括健全和改善水文站网和水质监测站网规划，完善测验标准体系，建立资料和信息传递通信系统，建立有关水量和水质资料的数据库系统等。除水资源本身外，整个水系统也应和环境的其他要素相联系，从而可使水文监测数据和信息也成为环境总质量的有力指标。为保证监测的质量，应当对标准化工作的重要性予以重视。为此，对从事这一工作的人员制订必要的培训计划，以及对测验和试验技术的鉴定，也是非常重要的工作。
（2）定期进行有针对性的水量和水质评价和预测工作，并估计可能出现的情况，提出相应的保护对策和措施。
（3）制订水质规划，拟定定期内要达到的水量和水质规划的标准和目标，以及相应的技术和其他措施。规划中应当尽量采用先进的治理、评价和预测技术，并不断加强科学研究和开发新技术。
在社会和经济的发展过程中，各类用水量不断增加，并随废、污水排放量的增加导致进入自然界水体中的各种成分以及新的人工合成物的数量都在增加。如果不及时加强对水质的管理，水污染问题的前景是十分严重的。因此，水质管理的基本目标是：为社会和经济的可持续发展，要保证能长期持久地利用水资源；保护人民的生活和健康状态不致受到以水为媒介的疾病和病原体的影响；保护水产品不因水质被污染而出现消极影响；维持自然水体中水质的良好状态以保持生态系统的完整性，以有利于人类社会的发展。
（二）水质管理指标
联合国对水资源保护问题提出：所有国家均可按照其能力及现有资源，通过双边或多边合作，包括酌情通过联合国和其他国际组织，设定以下指标。(www.xing528.com)
（1）弄清可持续开发的地表水和地下水资源以及其他与水紧密相关且可开发利用的资源，并制订对这些资源进行保护、养护和可持续利用的计划。
（2）查明所有的潜在可供水源，并拟订对其实行保护、养护和开发利用的计划。
（3）根据以对污染源的控制来减少污染的策略，结合环境影响评价，并针对主要点污染源和具有高度危险的非点污染源所制定的强制性实施标准，在与社会经济的发展相适应的前提下，开展有效的水污染防治措施。
（4）尽可能参与国际上有关水质监测和管理的活动，例如全球环境/水监测计划，环境规划署的内陆水域无害环境管理，粮农组织的内陆区域渔业机构，以及有关国际重要性的沼泽地，特别是水禽栖息地公约。
（5）大力减少与水有关疾病的流行。
（6）根据需要和可能制定各类水体的生物、卫生、物理和化学质量标准，以不断改善水质。
（7）采取有利于水资源的持续开发的综合管理办法，并保护水生生态系统和淡水生物资源。
（8）制定和淡水、沿海生态系统有关的无害环境管理策略，包括对渔业、水产养殖业、畜牧放牧业、农业活动和生物多样性的研究。
为实现上述目标，首先就要加强对水质的管理，并根据对水质的监测结果，采取相应的措施。根据我国的实际情况，由于人口众多，地域广阔，对水质进行管理，加强监测是十分必要的。水质管理的重点是各类用水中的排水管理，对不达标的排水要规定一个达标的时间表，要求用水户采取必要的措施以实现达标要求；同时，要和用水管理一道，按要求逐步提高城镇污水集中处理和工业废水的厂内处理率，控制农田的化肥、农药等有效利用率等。
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