新疆气候干旱，降雨稀少，蒸发强烈，绝大部分区域属于干旱和极端干旱区。干旱与水资源不足客观上就决定了生态环境的脆弱性，其主要表现为植被的生物产出量普遍偏小；土壤的沙质化较强，有机质含量普遍偏低；荒漠物理环境始终处于主导地位，其主要表现为风大沙多、尘土天气和土壤盐碱重。人类的各种不合理活动都极易引起绿洲区和荒漠区环境的逆向演替，且具有极强的不可逆特点。
（二）水资源分布极不均，增加合理开发利用的难度
南疆与北疆水资源量分布极不均衡，特别是东南部地区与西北部地区水资源量分布的极端悬殊性，加之，大部分河流年内水量分配极不均匀，长期受春旱和夏洪的困扰；天山北坡经济带水资源分布与区域经济社会发展格局极不协调，面临严重的资源性缺水问题。这些问题的解决，无论从空间尺度，还是时间尺度；无论是工程建设的难度，还是巨额资金投入可行性，都客观地决定了实现新疆水资源合理开发利用的艰巨性、长期性和复杂性。(www.xing528.com)
在封闭干旱内陆盆地，各种以水为载体的有害物质（如盐分和污染物）只能积聚于盆地之中，缺乏参与全球水分大循环的能力，由此决定了：其一水环境容量相对有限；其二随着时间的推移，盆地内的环境承载能力有逐步减小的趋势。在水资源开发利用初期，地表水流出山口后进入绿洲，由于绿洲耗水量较小，携带有绿洲有害物质 （如盐分）的河水，最终向盆地汇水中心——湖泊聚集或消失于沙漠之中，其绿洲保持着良好的环境质量。近50年，随着人类活动的加剧，山区径流大部分被引入绿洲消耗，而绿洲中大量的有害物质又没有足够的水带出，绿洲内部有害物质进多出少或只进不出，灌区无完整排水系统，加之下游河道断流和湖泊不断萎缩甚至干涸，致使绿洲内部和外部的环境质量呈劣变态势。随着经济社会的快速发展，工业化和城市化进程的加速，还将产生大量污染源。对干旱区而言，若不合理地调控水的运移与分布，会进一步引发绿洲环境质量的劣变，这对以绿洲为主的干旱区未来的经济持续发展将是极为不利的。
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