（一）一级区划
新疆水功能一级区划共划分了147个功能区，其中保护区62个，保留区16个，开发利用区69个。区划总河长16851km。由于在区划的河流中未涉及到省际间用水关系，因此没有划分缓冲区。各水资源三级区水功能区分布情况及区划河长统计见表6-6。
表6-6 水资源三级区一级水功能区划统计表
续表
1.保护区
保护区是指对水资源保护、自然生态及珍稀濒危物种的保护有重要意义的水域。该区内严格禁止进行与保护无关的开发活动。保护区可分为源头水保护区、自然保护区、调水水源保护区三类。保护区水质管理目标是根据水质现状和需要，分别执行《地表水环境质量标准》（GB3838—2002）Ⅰ类、Ⅱ类水质标准或按现状水质保护。
全疆划分保护区62个，占区划总数的42.2%，其中源头水保护区50个，主要分布在各河流源头到最上游的水文站或未受人类开发利用影响的河段。另在额尔齐斯河、特克斯河、喀什河上划分了3个水库水源保护区；自然保护区有：布尔津河上游喀纳斯自然保护区、布尔根河河狸自然保护区、巴音布鲁克天鹅自然保护区。
根据新疆生态环境现状及保护要求，将塔里木河干流中下游段、叶尔羌河下游、和田河下游、车尔臣河下游及艾比湖划分为生态用水保护区。
各类保护区总河长8007km，占区划总河长的47.5%。源头水保护区目标水质均为Ⅰ、Ⅱ类，其他保护区水质目标为保持现状。
2.保留区(www.xing528.com)
保留区是指目前开发利用程度不高，水质较好，为今后开发利用和保护水资源而预留的水域。保留区应维持现状水质不遭破坏，并按照河道管理权限，未经水行政主管部门批准，不得在区内进行大规模的开发活动。保留区水质管理目标按不低于现状水质类别控制。
全疆划分保留区16个，总河长1716km，分别在额尔齐斯河流域的喀拉额尔齐斯河、布尔津河，伊犁河流域的阿合牙孜河、库克苏河、阿克苏沟，乌伦古河的布尔根河，叶尔羌河水系中的塔什库尔干河及开都河的部分河段。上述区域水资源基本未开发利用，故划为保留区；将伊犁河出境段三道河子至国境线、额尔齐斯河出境段南湾至国境线及额敏河出境段阿克其至国境线划为保留区。
3.开发利用区
开发利用区主要指具有满足工农业生产、城镇生活、渔业或娱乐等需水要求的水域。该区内的具体开发活动必须服从二级区划的功能分区要求。开发利用区的水质管理目标按二级区划分别执行相应的水质标准。
全疆划分开发利用区69个，占区划总数的46.9%，区划总河长6714km，占总河长的42.3%。69个开发利用区中以伊犁河、额尔齐斯河、喀什噶尔河、渭干河、阿克苏河、开—孔河、玛纳斯河、乌鲁木齐河、头屯河及水磨河为多。上述水系中划为开发利用区的河流为水量较大、水资源开发利用程度相对较高、经济相对发达的区域。其中，伊犁河、乌鲁木齐河、水磨河、头屯河、开孔河、阿克苏河除农业用水外，在经过城市时，生活及工业用水也占一定比例。
博斯腾湖、乌伦古湖、赛里木湖不仅具有重要的生态功能，而且还具有旅游、工农业用水、渔业养殖等多种功能，根据区划的依据划分为开发利用区，但在开发利用的同时必须充分考虑满足其生态功能。
（二）二级区划
二级区划是在一级区划的基础上，对重要的开发利用区进行功能划分，可划分为饮用水源区、工业用水区、农业用水区、渔业用水区、景观娱乐用水区、过渡区、排污控制区7类功能区。
根据新疆实际情况，共划分91个二级水功能区，区划总河长7128km，大部分二级水功能区为农业用水区或多功能用水区，个别河段划为排污控制区、过渡区和景观娱乐用水区。全疆河流农业用水区占河流开发利用区总长的79.2%。各水资源三级区二级水功能区分布情况及区划河长统计见表6-7。
表6-7 水资源三级区二级水功能区统计表
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