细菌型豆豉大多是利用纳豆枯草杆菌（Bacillus Subtilis Natto）在较高温度下，繁殖于蒸熟大豆上，借助其较强的蛋白酶系生产出风味独特的豆豉。纳豆枯草杆菌生长适温为30～37℃，在50～56℃尚能生长，最大特点是产出黏性物质，并可拉丝。自古以来，制造这种豆豉是将蒸熟大豆趁热在高温下包入稻藁内或用稻秆覆盖保温生产的。纳豆枯草杆菌的孢子耐热性较枯草杆菌的孢子高1.6倍。因此，制曲时创造高温、高湿的条件可以杀死杂菌，纳豆枯草杆菌的孢子被高温所激活，迅速发芽、繁殖。
参与细菌型豆豉制曲和发酵的微生物种类很多，除主要的枯草芽孢杆菌外，还有豆豉芽孢杆菌及微球菌，其机理为厌氧菌生长于蒸煮过的大豆中，使大豆发黏，散发一种豆豉特有的气味，在此过程中又产生多种蛋白酶，使蛋白质分解成氨基酸，赋予产品鲜味。
（一）水豆豉
水豆豉主要是云南、贵州、山东一带民间制作的家常豆豉。水豆豉制曲水分和发酵水分均较高。水豆豉的发酵属细菌型发酵，主要是小球菌和杆菌等参与。水豆豉是在淹水状态下发酵，成品为固液混合状态，豉汁微黄、透明、质地黏稠，挑起悬丝长挂；豉粒完整柔和，为豉汁所浸渍。水豆豉口味清淡典雅，富有纯正的豉香，富含维生素和多种氨基酸，营养丰富，消化性极好，鲜香宜口，既是大众欢迎的菜肴，又是极好的调味料。
1.原料配方
黄豆100kg，豉汁200kg，食盐40kg，萝卜粒75kg，姜粒10kg，花椒250g，水适量。
2.工艺流程
3.操作要点
（1）煮豆：制作水豆豉常采用黄豆。将黄豆投入木桶中，掺水搅拌，漂浮去不实之粒，淘洗净泥沙，分选除石子。捞出洁净、完整、饱满的黄豆放入蒸煮锅中，加入3～4倍于黄豆的清水煮豆。煮豆时间从水沸腾时计1h。
（2）培菌：水豆豉的培菌分豆汁培菌和熟豆培菌，它们都是利用空气中落入的微生物及用具带入的微生物自然接种繁殖而完成培菌过程的。体系中微生物区系复杂，枯草芽孢杆菌和乳酸菌是占优势的种群。豆汁的培养菌是把煮豆后过滤出的豆汁放于敞口大缸中，在室温下静置陈酿2～3d，待略有豉味产生时搅动1次，再静置培养2～3d，豉味浓厚并微有氨气散出，以筷子挑之悬丝长挂，即成豉汁。
熟豆培菌在竹箩中进行，箩底垫以厚10cm的新鲜扁蒲草。扁蒲草俗名豆豉叶，茎短节密而扁，匍匐生长，叶似披针，肉质肥厚，表面光滑，保鲜力强，能充分保持水分，使豆粒表面湿润。在扁蒲草上铺上厚10～15cm的熟豆，表面再盖厚10cm左右的扁蒲草，入培养室培养。培养2～3d后翻拌1次，再继续培养3～4d，培养成熟。成熟的豆豉曲表面有厚厚一层黏液包裹，并有浓厚豉香味。因为竹箩体积大，制曲入箩的豆也不多，豆粒含水量又大，制曲过程中温度不易升得过高，只能在室温20～22℃。制曲时间需要经过6～7d。如果一批接着一批生产，可利用上批生产的豉汁为菌母，进行人工接种培菌，接种量为1%，这样可以大大缩短培菌时间。
水豆豉培菌过程中，蚊蝇易在豉内产卵导致生蛆，所以，水豆豉生产季节多选在寒露之后，春分之前。其他季节生产则需严格防蚊除蝇。
（3）入坛发酵：入坛发酵在浮水坛中进行。入坛前先洗净浮水坛，准备好原料。老姜洗净刮除粗皮，快刀切细成米粒大小的姜粒。花椒去子除柄摘干净。选个头较小肉质结构紧密的胭脂萝卜晾萎、洗净，快刀切成豆大的萝卜粒。
将食盐投入豉汁，搅动使全部溶解，再按豆豉曲、花椒、姜粒、萝卜粒的顺序一一投入搅匀，入坛。盖上坛盖，掺足浮水，密闭发酵1月以上则为成熟的水豆豉。
（4）保存：发酵成熟的水豆豉可以经常取作食用。取后立即盖坛，并经常注意添加浮水，勿使水干漏气。这样经久不会变质，并且越陈越香，滋味越放越好。成品口味清淡典雅，富有醇正的豉香，富含维生素和多种氨基酸，营养丰富，消化性极好，鲜香宜口，既是菜肴，又是调味料。
（二）四川水豆豉
1.原料配方（成品400kg）
黄豆100kg，食盐58kg，姜48kg，花椒400g，干辣椒20kg，水适量。
2.操作要点
（1）原料预处理：将黄豆加水浸泡3～6h，以80%以上豆粒膨胀无皱皮为好。沥干后采用常压煮豆，添加量为水：黄豆=1：1。煮沸后小火维持沸腾状态，常压煮30～40min，至透心无生豆味为止。滤出豆子，沥干水分。煮豆水和沥水，可用于配料。
（2）保温发酵：将煮熟的黄豆，摊凉至40℃，装入容器，保温25℃以上，使由空气中落入的小球菌、乳杆菌等耐热性微生物繁殖并分泌酶，将蛋白质等进行分解。2～3d后，品温开始逐渐上升。到第5天时，品温可上升至50℃。其间大部分细菌在不利于生长的条件下形成了硬膜，而使成品具有黏液，并产生特殊的气味。此时应及时取出，加入配料，阻止醅温继续上升。
（3）拌料、后熟：按配方要求加入配料，并添加煮豆水，使每100kg黄豆配成400kg的料，拌匀后装满陶坛。在室温下后熟1个月。
（4）灭菌：发酵成熟的水豆豉，在80℃下进行30min灭菌后，趁热分装、密封，即为成品。(www.xing528.com)
成品口味香辣，鲜美馨香，营养丰富，可直接佐餐，或供烹调蘸食之用。
（三）袋装水豆豉
袋装水豆豉是在继承和发扬我国传统的水豆豉食品特点的基础上，用科学的方法加以改进和提高后，开发出的一种适宜于工业化生产的风味食品。该产品食用和携带方便，家庭和餐馆中既可做菜直接食用，也可做烹调用料配菜。尤其适用于出差旅游和野外工作时食用。
1.原料配方
黄豆100kg，白糖（或红糖）、红辣椒、食盐、味精、姜、香辛料、水各适量。
2.工艺流程
黄豆原料→挑选→清洗→浸泡→煮制→沥干→熟豆→保温发酵→豉醅→混合调配（加煮豆水、辅料）→包装→密封→杀菌→冷却→成品
3.操作要点
（1）原料处理：黄豆挑选、清洗，浸泡至豆粒发涨无皱纹，含水量在50%左右即可。浸泡时水要淹没豆面30cm。夏季浸泡时间为3～4h，冬季为6～8h。用温水浸泡可缩短浸泡时间。泡涨后的原料在常压煮制时间为3～4h或0.1MPa的压力下煮制1.5～2h。煮制时也可加入少许八角、小茴香、辣椒等香辛料以增加风味。
（2）保温发酵：将煮熟后的原料趁热沥干，降至45℃左右后再进行保温。保温时间视气温和发酵温度而定，一般为40～60h，温度控制在35～45℃。煮豆水中加入10%左右的食盐保存至发酵结束。
（3）混合调配：保温发酵完毕后，将黄豆与煮豆水混合，再加入适当比例的食盐、味精、白糖或红糖、红辣椒、姜、香料等辅料进行调配。
（4）包装、灭菌：调配好的半成品用50g、100g、200g等不同规格的复合薄膜袋进行包装，用真空封口机密封，封口时真空度不宜过高，否则袋中的汁液会影响封口效果。采用小于或等于100℃的温度灭菌，灭菌时间视包装规格而定，一般为几分钟至十几分钟不等。灭菌完毕后立即用冷水冷却至38℃左右，减少余热对产品的影响。冷却后将水擦干便可得成品。
成品具有水豆豉产品特有的香气，无其他不良气味，滋味辛辣咸适度，口味协调，黏稠适度。
（四）日本豆豉
一般说的日本豆豉，是将发酵菌（Bacillus Natto）接种在大豆上而制成的抽丝发酵点。发酵菌能产生蛋白酶、淀粉酶等；在发酵过程中能促使蛋白质分解成易于消化的形态。
1.原料配方
大豆100kg，纯种发酵菌、水适量。
2.工艺流程
大豆→精选→浸渍→加压蒸煮→接种→入室→出室→冷却→制品
3.操作要点
选用充分干燥的小、中粒大豆，除去杂质，经水洗后浸泡。浸泡时间随大豆种类和水温而有所不同。一般夏季浸泡8～12h，冬季需浸泡24～30h。浸泡后的大豆重量可增大2～3倍。将浸泡好的大豆放入0.138MPa的压力锅中，蒸煮20min，待冷却至70℃以后，接种事先培养的纯种发酵菌。接种的大豆用木质纸、竹皮包好放入箱中重叠堆放，盖好箱盖。将箱置于温度为40～42℃、湿度为95%左右的室内发酵。经数小时后，由于发酵品温上升，将室温下降到37℃左右，再发酵约20h即可终止发酵。然后将发酵豆从室内取出冷却，为使风味良好还需稍加后熟，即为成品。成品氨基酸含量高，滋味鲜美，易于消化吸收。
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