腐乳，又称豆腐乳，是一种中国传统的大豆发酵食品，也是由微生物作用的代表性豆制品[1]。根据加工方式不同，腐乳可分为细菌型腐乳、霉菌型腐乳、酶法发酵以及自然发酵腐乳[2]。在腐乳自然发酵过程中，由于制作环境和人工因素等的影响，导致其蕴含的微生物的种类丰富多样，从而使腐乳具有别样风味。众多学者对腐乳中微生物群落构成进行了研究，其中程永强[3]在低温发酵腐乳中发现1株嗜低温的毛霉——黄色毛霉（Mucor flavus），同时姚翔[4]在益阳自然发酵腐乳中分离出总状毛霉（Mucor racemosus）和鲁氏毛霉（Mucor roxianus），而鲁菲[5]在青方腐乳中分离出植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）和短小奇异菌。但是，关于湖北地区腐乳微生物多样性的研究较少。
变性梯度凝胶电泳（Polymerase Chain Reaction-Denaturing Gradient Gel Electrophoresis，PCR-DGGE）技术是一种可以对微生物的群落结构及遗传多样性进行连续分析的技术[6]，同时具有重复性好、检测结果可靠以及应用范围广等优点[7]，目前应用于葡萄酒[8]、香肠[9]和奶酪[10]等领域。Illumina Miseq高通量测序技术可以从宏基因组层面对样品中的微生物多样性进行全方位且客观的分析评价，同时克服了传统微生物学手段耗时长、工作量大等缺点[11]，广泛应用于研究肠道菌群[12]、发酵食品[13]以及环境检测[14]等方面。(www.xing528.com)
本试验以恩施地区自然发酵腐乳为研究对象，利用PCR-DGGE结合Illumina Miseq高通量测序技术相结合的手段对腐乳中的微生物群落组成及多样性进行解析，同时利用传统微生物学方法分离鉴定腐乳中的乳酸菌。通过本研究的开展，可促进腐乳产业化生产，为大豆发酵食品领域提供一个重要的理论支持。
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