恩施市腌芥菜细菌多样性分析

恩施土家族苗族自治州是由齐跃山脉、巫山山脉和武陵山脉等组成的山地，全州水资源丰富、森林覆盖率高达71.2%，境内生活着汉族、土家族和苗族等27个民族，有着制作和食用发酵蔬菜的习俗[1-2]。该地生产的腌菜主要以芥菜为原料，采用传统手工技术将芥菜头和部分芥菜叶露天晾晒至七成干后切丁加适量盐入坛腌渍而成。特殊的地理环境、开放的生产条件以及传统的制作技术使得腌菜成品中保留了多种由环境和原料等因素引入的微生物。近年来研究人员对腌菜的微生物多样性进行了初步解析，张奶英等[3]采用变性梯度凝胶电泳技术（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis，DGGE）对四川叶用芥菜盐渍过程中微生物多样性进行了研究，发现其中优势菌为盐单胞菌（Halomonas sp.）、酿酒酵母（Saccharomy cescerevisiae）和粘性红圆酵母（Rhodotorula mucilaginosa）；邓元源等[4]从福建省农家自制腌菜中分离出3株乳酸菌，经鉴定分别为短乳杆菌（Lactobacillus brevi）、发酵乳杆菌（Lactobacillus fermentum）和植物乳杆菌（Lactobacillus plantarum）；林亲录等[5]从湖南省传统发酵芥菜中分离出10株乳酸菌菌株，通过初步鉴定将其鉴定为乳杆菌属（Lactobacillus），然而目前关于恩施地区腌菜中微生物多样性的研究报道尚少。

高通量测序技术（high-throughput sequencing，HTS）具有操作简单、通量高和检测速度快的特点，且一次可对多个样本进行平行分析[6]，但因扩增引物通用性高，导致专门针对某一个种属的微生物群落进行研究时其适用性较差[7]。在使用种属特异性引物扩增16s rRNA多变区基因序列的基础上，使用DGGE技术可以完成肠道等复杂基质中乳酸菌菌群群落结构的研究工作[8]，具有操作简单易行、灵敏度高和可检测到一个核苷酸水平的差异等优点[9]。由此可见，将高通量测序和DGGE技术相结合进行发酵食品多样性解析是可行的，且在窖泥[10]、豆酱[11]和肠道[12]细菌多样性解析方面已得到了广泛应用。(www.xing528.com)

因此，本研究采用MiSeq高通量测序与DGGE指纹图谱技术相结合的方法对采集自恩施土家族苗族自治州的腌菜中细菌多样性进行了分析，并采用稀释涂布平板法对其中所含乳酸菌进行了分离鉴定与保藏，为后续腌菜的产业化发展提供菌株支持。