探究酸萝卜细菌多样性：恩施市实验分析

泡菜是以萝卜、白菜、黄瓜或豆角为主料，加入适量辣椒和生姜等辅料浸入4%～6%的盐水中，20～25 °C发酵6～10天制作而成的一种发酵蔬菜制品[1]。泡菜的制作和食用历史可追溯到公元前1 000年，而恩施土家族苗族自治州作为一个自然资源丰富、民族文化多样的少数民族聚居地区，较好地保留了泡菜传统制作工艺[2-3]。当地制作的泡菜种类繁多，最为出名的当属酸萝卜，其主要以农家自种的红萝卜为原料，采用“老坛陈泡”的方法制作而成，腌制成熟的酸萝卜口感脆嫩、色泽鲜亮，深受人们的喜爱。

作为影响泡菜品质的重要因素之一，泡菜微生物多样性解析一直是国内外学者研究的热点。裴乐乐采用构建16s rRNA基因文库和核糖体DNA扩增片段限制性内切酶分型分析（Amplifed Ribosomal DNA Restriction Analysis，ARDRA）的方法对四川不同原料泡菜中细菌多样性进行解析，发现泡菜中的细菌绝大多数类群为乳酸菌[4]；朱琳采用Illumina-HiSeq高通量测序技术分析了细菌群落结构多样性和亚硝酸盐浓度的关系，结果发现泡菜发酵液中优势细菌在亚硝酸盐浓度峰值期以Proteobacteria（变形菌门）为主，而在回落期以Firmicutes（硬壁菌门）为主[5]；Xiong研究报道Enterococcus faecium（屎肠球菌）和Streptococcus lactis（乳酸链球菌）等是泡菜发酵中期的优势菌，Lactobacillus plantarum（植物乳杆菌）和Lactobacillus sakei（清酒乳杆菌）是发酵后期的优势菌[6-7]。然而，目前有关恩施酸萝卜泡菜中微生物的研究鲜见报道。(www.xing528.com)

本研究采用Illumina-MiSeq高通量测序和变性梯度凝胶电泳（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis，DGGE）技术对采集自恩施地区酸萝卜的细菌和乳酸菌多样性进行了解析，同时采用传统微生物学手段对其中蕴藏乳酸菌菌株进行了分离鉴定与保藏，以期为恩施地区传统发酵食品多样性的解析提供数据支撑。