恩施市泡辣椒的微生物多样性分析

泡辣椒是一种流行于四川、湖南和贵州等地区的传统发酵辣椒产品[1]，其主要利用辣椒表面附着的微生物自然发酵而成[2]。由于传统发酵食品制作环境开放，使得各类产品中的微生物具有多样性[3]。钟燕青研究发现湖南地区自然发酵剁辣椒中的乳酸菌主要为Lactobacillus plantarum（植物乳杆菌）、Pediococcus pentosaceus（戊糖片球菌）和L.breris（短乳杆菌）[4]，同时沙漠从自然发酵的辣椒酱中分离出两株产酸量高、生长良好且适用于发酵辣椒试验的菌株，分别为L.plantarum和Streptococcus faecalis（肠膜串球菌）[5]。周俊良在贵州地区市售泡辣椒和农家自制酱辣椒产品中筛选出4株适用于发酵辣椒制品制作的乳酸菌，分别为L.bifermentans（双发酵乳杆菌）、L.fermentum（发酵乳杆菌）、L.alimentarius（食品乳杆菌）和L.fructivorans（食果糖乳杆菌）[6]，然而关于湖北恩施地区泡辣椒中微生物多样性的研究报道尚少。

相对于传统微生物培养方式，Illumina Miseq第二代高通量测序技术可以获得不同环境条件下微生物的群落结构，不仅能够检测到低丰度的微生物而且具有很高的可信度和准确度[7]。同时聚合酶链式反应（Polymerase Chain Reaction，PCR）结合变性梯度凝胶电泳（Denaturing Gradient Gel Electrophoresis，DGGE）是一种新型不依赖于培养的分子生物学技术，其可以直接提取微生物的宏基因组，通过电泳图来检测和鉴定自然环境或人工环境中微生物的种类[8]。Illumina Miseq技术和PCR-DGGE技术优化了传统微生物培养方法中耗时长和工作量大等缺点，同时具有快速和简便且重复性好的特点，被广泛应用于发酵食品[9-10]、肉制品[11-12]、肠道[13-14]和土壤[15-16]微生态研究等领域。(www.xing528.com)

本研究采用Miseq高通量测序技术与PCR-DGGE技术相结合的方法对恩施地区泡辣椒中微生物的多样性进行解析，同时利用传统微生物纯培养方法分离鉴定其中蕴含的乳酸菌。通过本研究的开展，以期全面解析恩施地区传统发酵辣椒中细菌的多样性，同时对恩施地区发酵食品中乳酸菌的开发利用奠定基础。