几乎所有的傅里叶红外仪都是采用的单光路系统（具体原理结构详见第五章相关章节），光谱通常是通过光谱差减来实现的。简单来说，就是仪器既要采集样品的单光束光谱，也要采集背景的单光束光谱。从样品的光谱中扣除背景的单光束光谱，就可以得到样品的单光束光谱。这种方法被称之为“背景扣除法”。背景扣除法的好处在于可以将对样品的红外线光谱的各种影响（其中最主要的是二氧化碳和水汽的吸收，以及各种仪器影响）都被看成是“背景”去除，对于同一台仪器而言显示是比较科学和简单有效的。
在背景扣除法的缺点是实际上很难去除样气中其他气体对被检测成分的干扰，如果混合气体的组分复杂且需要检测气体很微量的话，这种扣除方法有时效果并不太好。因而出现了吸光度光谱差减法。
差谱的计算公式如下：
差谱=样品光谱-参比光谱x差减因子
也就是说对于同一台仪器来讲，可以认为得到的参比光谱已经含有了各种干扰因素，同理得到的样品光谱也并不能简单地认为只有一种待定成分，而应该被认为是含有多种成分共同形成的红外线光谱。通常为了得到更合理的参比光谱，通常是在纯氮条件下得到的。公式明显可以看到，不同的差减因子对得到的差谱影响很大，在很多仪器中，都提供了差减因子连续调整方式以方便用户更为直观地看到差减因子对差谱的影响。
合理的差减因子设置的关键是要在参比光谱中找到一个参考峰，以此为参照将这个参考峰全部减掉，也就是将这个参考峰减到基线为止，此时所得的差减因子就是最合理的。
但实际上我们可以认为参考峰的选择很多时候需要工程经验，很多相关书籍和技术参考数[2][3][5]中都认为参考峰的准则不是参考峰的强度，而是强调所选取的参考峰的波数范围内没有其他峰的干扰，也就是尽可能地去找一个相对没有干扰的最能体现当时仪器背景环境的参考峰。(www.xing528.com)
吸光度光谱差减法应该是目前最常用的处理方式之一，往往在实际工程施工中，工程技术人员会根据经验以及当时样气实际工况环境（特别不能忽略水分、温度以及样气间的相互干扰）对参数进行调整，以得到质量更好的红外线光谱，通常认为：
在很难找到光谱差减参考峰的情况下，差谱中尽量不要出现太强的负峰；
如果两张光谱的分辨率不同，差减后谱图的分辨率为较低分辨率；
应尽量避免对同一张光谱进行多次差减，因为差减本身是理想化的将所有干扰因素理想化的“归结”为了参比光谱，多次差减就意味着多次“不可靠”的数据处理，通常差减结果越不可靠。
要根据实际情况分析样气中可能含有的多种组分对光谱的影响，尽可能地避免选取影响较大的那些波数范围。
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