水行政复议的程序主要由4个方面组成，即申请、受理、审理和决定。
1.申请
水行政复议的申请是指水行政相对人认为水行政主管部门作出的具体水行政行为侵犯了其合法权益，以自己的名义在法定时限内，要求复议机关撤销或者变更具体水行政行为以及履行法定职责，以维护自己的合法权益。申请人申请行政复议，申请须做到条件合法、形式合法和时限合法。
（1）条件合法。即申请复议应当符合下列条件：
1）申请人是认为水行政主管部门的具体水行政行为，直接侵犯其合法权益的公民、法人和其他组织。
2）有明确的被申请人（即作出具体水行政行为的水行政主管部门）。
3）有明确的复议请求和事实根据。
4）属于水行政复议范围。
5）属于受理复议申请的水行政复议机关管辖。
（2）时限合法。申请人对水行政主管部门的水行政处罚决定不服的，可以在接到处罚通知之日起60日内提出申请复议。因特殊情况耽误法定申请期限的，申请期限自障碍消除之日起自动顺延。
（3）形式合法。申请人向人民法院起诉且已经受理的，不得申请复议。申请人已向复议机关申请复议且已经受理的，在复议期间不得向法院起诉。申请人申请行政复议，可以书面申请，也可以口头申请。
2.受理
受理是指申请人提出复议申请后，经有管辖权的水行政复议机关审查，认为符合申请条件的，决定立案审理的行为。
有管辖权的水行政复议机构自收到复议申请书之日起10日内，应及时对复议申请作出处理。如复议申请符合申请条件的，应予受理，不受理的要告知理由；如复议申请内容不全的，应告知申请人补充并限期改正。
3.审理(www.xing528.com)
水行政主管部门对已受理的水行政复议案件，要及时指派专人认真审理。
（1）准备工作。确定复议人员；更换或者追加复议参加人；决定有关复议工作人员是否应予回避；决定具体行政行为是否应该停止执行。
（2）审理方式。原则上采取书面审理的办法，但申请人提出要求或行政复议机关法制工作机构认为必要时，可以调查情况并听取申请人、被申请人、第三人意见。
（3）复议申请的撤回。复议申请的撤回是指申请人向复议机关申请复议后，在复议机关作出决定前，又向行政复议机关提出要求撤回复议申请，经行政复议机关审查同意，终结行政复议活动的制度。
根据《行政复议法》的有关规定，申请人撤回复议申请必须具备四个条件，即：①提出撤回申请的必须是申请人一方当事人，包括申请人特别授权的法定代理人和委托代理人，其他人均不能提出撤回申请要求；②撤回申请必须是复议申请人自愿作出的行为；③申请撤回必须在复议决定作出之前提出；④申请人撤回申请必须说明理由。
在行政复议过程中，申请人经说明理由撤回行政复议申请的，行政复议活动终止。对终止审理的案件，行政复议机关应通过一定方式通知被申请人、第三人。
4.决定
上级水行政主管部门行政复议机构受理行政复议后，对被申请人作出的具体行政行为进行审查，提出意见，经上级水行政主管部门负责人同意或者集体讨论通过后，按照下列规定作出行政复议决定：
（1）具体行政行为认定事实清楚，证据确凿，适用依据准确，程序合法，内容适当的，决定维持。
（2）被申请人不履行法定职责的，决定其在一定期限内履行。
（3）具体行政行为有下列情形之一的，决定撤销、变更或者确认该具体行政行为违法的，可以责令被申请人在一定期限内重新作出具体行政行为：①主要事实不清，证据不足的；②适用依据错误的；③违反法定程序的；④超越或者滥用职权的；⑤具体行政行为明显不当的。
上级水行政主管部门行政复议机构自受理行政复议申请之日起60日内作出行政复议决定，法律规定的行政复议期限少于60日的除外。情况复杂不能在规定的期限内作出行政复议决定的，经上级水行政主管部门负责人批准，可以适当延长，并告知申请人和被申请人，但延长期限最多不超过30日。
上级水行政主管部门作出行政复议决定，应当制作行政复议决定书，并加盖公章。行政复议决定书作为一种规范的法律文书，需要全面、准确地表达行政复议机关对被申请人作出具体行政行为的态度和结论，以及所采集的证据和基本的理由，它是复议的最终结果。
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