根据《水行政处罚实施办法》规定，水行政主体作出水行政处罚的决定，有以下两种程序。
1.简易程序
对违法事实确凿并有法定依据，对公民处以50元以下，对法人或者其他组织处于1000元以下罚款或者警告的，可以当场作出水行政处罚决定。水政监察人员应当遵守简易程序如下：
（1）向当事人出示水政监察证件。
（2）口头通知当事人违法事实、处罚理由和依据，并告知当事人依法享有陈述和申辩的权利。
（3）听取当事人的陈述和申辩。
（4）填写水行政处罚决定书，并当场交给当事人。
（5）在5日内将水行政处罚决定书报所属水行政处罚机关备案。
2.一般程序
一般程序又称普通程序，是水行政处罚的一个基本程序，它适用于大多数的水事违法案件。水行政处罚的一般程序包括以下步骤：
（1）立案。能给予立案的水事违法案件须符合下列条件：(www.xing528.com)
1）具有违反水事法律、法规事实的。
2）依照水事法律、规范规定应当给予水行政处罚的。
3）属于立案的水行政处罚机关管辖的。
4）违法行为未超过追究时效的。
一般讲，立案应当填写立案报告，并经本机关主管负责人审查批准后，即完成该水事案件法律意义上的立案程序。在立案同时应当指定和落实办案人员。
（2）调查取证。水行政处罚机关对水事案件立案后，应当本着公正、客观、全面的原则调查、收集能够证明本案事实真相的相关证据。在进行调查取证过程中，水政监察人员可以依法询问当事人、证人，进行现场勘验、检查等，必要时可以采取检查、抽样取证、封存等调查取证手段收集证据。水政监察人员在调查取证时应当表明身份，向被调查人出示水政监察证件，必须有两名以上的水政监察人员在场，如调查人员与案件存在着利害关系的应当回避。
（3）听取申辩与听证。水行政处罚机关在调查取证后作出水行政处罚前，应当告知当事人享有申辩和陈述的权利。当事人依法所作的申辩与陈述，水行政处罚机关应当充分听取并制作笔录，对当事人提出的事实及理由、证据应当进行复核，复核属实的应当予以采纳。当事人申辩与陈述的笔录应认真整理后归档。
《水行政处罚实施办法》规定，水行政处罚机关作出对公民处以超过5000元、对法人或者其他组织处以超过5万元罚款以及吊销许可证等水行政处罚之前，应当告知当事人要求举行听证的权利。当事人要求听证的，水行政处罚机关应当组织听证，具体工作由水政机构组织。听证程序应严格按照《水行政处罚实施办法》执行。
（4）作出处罚决定。水行政主体通过调查取证、听取案件当事人的申辩和陈述后，则可依法根据情节轻重及具体情况作出处罚决定。行政处罚决定书作出后，应当送达当事人。
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