水行政许可的程序，是指水行政主体实施水行政许可时的步骤、方式、时间期限等内容。因为水行政许可行为直接影响水行政相对人的权益，水行政主体对相对人的申请是否批准，关系到相对人能否取得某种特定权利、资格，能否从事某种特定的水事活动，实施某项特定的行为。因此，水行政许可程序一定要规范、完善、准确。
水行政许可程序大致可以分为以下4个阶段。
1.申请
申请人的许可申请是水行政主体实施水行政许可的前提。申请人的某项水行政许可要获得批准，首先要向水行政主体提交申请书，申请书应写明以下内容：
（1）申请人的基本情况。
（2）申请的具体事项。如取水许可申请，应写明取水目的、取水量、用水量、水源及取水地点、取水方式、节水措施、退水地点、污水处理措施等。
（3）提出申请的理由和法律依据。
（4）其他应具备的材料。如申请事项涉及第三者合法水事权益时，应附有第三者的承诺书或说明情况的文件。
2.受理
受理是指水行政主体对申请人的许可申请进行形式审查后表示接受。水行政主体在对申请人的水行政许可进行形式审查时，并不意味着申请人的该水行政许可申请已经被水行政主体受理。水行政主体对申请人的申请材料进行形式审查，主要是审查申请人是否提交了符合规定要求的书面申请材料，如申请材料在形式上存在缺陷，水行政主体应当退还申请人的申请并告知理由，或要求申请人补充材料。只有在水行政主体对申请人的书面申请材料进行形式审查无误并表示接受后才完成受理。(www.xing528.com)
3.审查
水行政主体在受理申请人的水行政许可申请后，应当在水事法律、法规所规定的时间期限内对申请材料进行实质审查，以确定申请人是否具备取得某种相应水行政许可的法定条件，主要是审查以下内容：
（1）审查申请人是否具备从事某项水行政许可的条件或相应等级的资格，如申请水利工程建设监理工程师资格时，除具备相应条件外还应通过主管部门组织的资格考试。
（2）如申请事项涉及第三者合法权益时，应征询相关人的意见。
图3-1 取水许可申请审批程序
（3）通过实地核实、调查，对申请人的申请书所载明内容进行核实。
4.决定
水行政主体通过对水行政许可申请人的申请书及相关内容进行审查后，若认为申请人的申请符合某项特定的水行政许可的法定条件的，就应当作出向申请人颁发该水行政许可证书、资格证书或同意书等有关的行政决定。若认为申请人的申请不符合法定条件的，则作出不予许可的决定，并向申请人说明理由。如申请人对水行政主体的决定不服，可以依法申请行政复议或者直接提起行政诉讼。
取水许可申请审批程序可用框图表示，见图3 1。
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