水行政管理与其他部门的行政管理一样，都具有一般行政的共同属性。但是，由于水与其他自然资源相比，有其特殊性，所以水行政管理也有其特有表现，具体表现如下：
（1）水资源是循环再生的动态资源，从总体上看是相对稳定的，但从具体的时间空间来看，又是极不稳定的，具有强烈的周期波动性和随机性。因此，水行政管理工作必须要在大量的、全面的、扎实的、长期的水文测验工作基础上，进行复杂的水文计算、水资源评价，才能大体上掌握客观的水文规律。即使这样，人们也只能相对地推算洪水频率和枯水保证率，不可能掌握精确的绝对值。这种特性决定了水行政管理必须尊重客观规律，做好艰苦细致的工作。
（2）防治水害，开发水利，离不开水利工程。水利工程与其他建筑工程相比，具有特殊的复杂性。首先，它的边界条件复杂，施工难度大，风险大。它需要解决大量的工程技术等问题，如果再扩大到流域治理，就更加复杂，在某一问题上稍有疏忽或处理不当，都会带来严重后果，因而水行政管理中的重大决策，需慎之又慎。
（3）水资源与土地、森林、矿产等自然资源相比较，有一显著特点，即存在有害与有利的双重性，它既是可开发利用的自然资源，又是洪水灾害的灾害源。因此，水行政管理在任何时候都应把抗洪救灾放在首位，在服从防洪总体安排的前提下举办各项兴利事业。如何恰当处理好兴利与除害的关系，是水行政管理比其他专门行政管理更复杂更困难的重要原因。
（4）水是以流域（水系）为自然单元，上下游、干支流、左右岸、地区之间联系密切。水又具有多功能的特点，防洪、治涝、灌溉、供水、水产、发电、航运、水环境保护等各项事业之间相互依存。水资源的流域性和行政管理体制的区域性的矛盾，决定了水资源管理必须实行流域管理与行政区域管理相结合，统一管理与分级管理相结合的制度，这就增加了水行政管理工作的难度。(www.xing528.com)
（5）水事关系通常都会涉及到有关地区、部门的利益，水行政主管部门在实施管理时会面临特殊的困难，例如处理水事纠纷的决定，如当事的地方政府持犹豫或保留态度，就难以贯彻执行。
（6）其他物权具有排他性，如一个煤矿归某个矿务局开发，他人没有开发权，而水权不同，因为，水是流动的自然资源，突出强调它的公共性、公益性。所以，水资源开发利用排斥垄断，强调水利共享、水害共当。这就使水行政管理工作在协调社会利害关系方面十分艰巨复杂。
（7）在当代社会，水的问题与水环境问题难以分开，水法规与水环境保护法规相互交织，成为现代水法一大特点。因此，水行政管理工作必须体现社会效益、经济效益和环境效益相结合。
（8）水行政主管部门集行政管理、行业管理、产业管理于一身，集管理与建设的功能于一身，这与税收、工商管理等纯行政管理不同，也与其他自然资源的管理部门有区别。其他自然资源的行政管理，主要是对资源的权属管理和对资源开发利用的监督管理。
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