水行政法律关系是由水行政法律关系主体、客体和内容三要素所构成。
1.水行政法律关系的主体
水行政法律关系主体，也称水行政法律关系当事人，是指水事法律关系中权利的享有者和义务的承担者，可以是公民、法人或其他组织，包括水行政主体和水行政相对人。
水行政主体是代表国家享有并行使水管理职权的组织，包括各级人民政府中的水行政主管部门、国家设立的流域管理机构以及法律法规授权的其他组织，是水行政法律关系中最重要的主体，往往起着主导作用。
水行政相对人同样是水事法律规范中权利的享有者和义务的承担者，是水行政法律关系中不可缺少的另一方当事人。无论是其他国家机关，还是公民、法人或其他组织，都可以成为水行政法律关系的相对人。
如两个县发生水事纠纷，这两个县的政府及其水行政主管部门就成为纠纷当事人，是这项水行政法律关系的主体。又如发电与航运发生纠纷，水电主管部门与交通主管部门就成为这项水行政法律关系的主体。
2.水行政法律关系的客体
水行政法律关系的客体是指水行政法律关系当事人权利和义务所指向的对象，一般有物、行为和精神财富。
（1）物。即水、水域和水工程等，必须能够为人类支配、利用和影响。
（2）行为。如防汛抢险、河道清障、征收和缴纳水资源费、计划用水与节约用水等，包括作为和不作为。(www.xing528.com)
（3）精神财富。主要指表现为一定形式的智力成果，如科研成果、水文地质资料等。
水作为水行政法律关系的客体，具有局限性。只有在人们能够加以控制和利用的那部分水资源，才能形成法律关系，所以水作为水行政法律关系的客体仅是其中一部分。洪水不能作为法律关系的客体，只有防洪排涝抢险的行为才能作为水行政法律关系的客体。
3.水行政法律关系的内容
水行政法律关系的内容是指水行政法律关系主体在水事法律关系中所享有的权利和应当履行的义务。这种权利和义务是由水事法律规范所确认并加以保护的权利和义务，而且大都是与水事管理职权紧密联系的，离开了水事管理职权当然也就无所谓水行政法律上的权利和义务。
水行政法律关系主体的权利是指由水行政法律规范所赋予的，要求水行政法律关系主体在具体的水行政法律关系中为一定行为的权利或者要求相对方为一定行为或不为一定行为的权利。如《防洪法》中所确立的规划同意书制度，该制度赋予了水行政主体审查相对人的行为是否符合防洪规划要求并作出是否同意的权利，同样赋予了相对人请求水行政主体审查批准申请报告的权利。
水行政法律关系主体的义务是指由水事法律规范所规定的，要求水行政法律关系主体在具体的水行政法律关系中必须为一定的行为或不为一定的行为。如前述的规划书同意制度，在该制度中，水行政主体必须审查相对人提交的申请报告是否符合防洪规划内容，是一项法定的义务，而相对人同样必须按照《防洪法》规定向水行政主体报送其申请报告，以供水行政主体审查。
由于水行政主体存在着级别差异，因此其享有的水行政法律规范上的权利，应当履行的义务也各异，具体体现在不同的水事行为中。
值得注意的是，在提及水行政法律关系的内容时，不能只强调水行政主体所享有的权利，而忽视其应当履行的义务；也不能只强调相应方所应当履行的水事法律规范上的义务，而忽视或否定其应当享有的权利。应当改变传统观念，即认为“水行政主体与相对人之间是一种权力与服从的关系”，实际上，水行政主体与相对人之间是一种权利义务关系。
水行政法律关系的内容是非常复杂的。如建设一个水电站，建设单位就必须与上级主管机关之间、与当地政府之间、与库区移民之间，以及与防洪、灌溉、供水、水运、水产、环境保护之间，形成错综复杂的权利与义务关系。
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