3.2.1 乙醇
乙醇是一种从糖类或林业和农业废料中的淀粉发酵得到的液体酒精。在最近的几年里，通过水解过程将城市垃圾和畜牧粪便以及碳水化合物（半纤维素和纤维素）转化成糖类物质的方法已得到实施[16]。木质纤维素受到了水侵蚀的作用，再通过酸或酶的水解后将其发酵得到乙醇。发酵是一种厌氧的生物过程，通过微生物（通常为酵母菌）的作用，糖类被转化成乙醇。用来作为生产乙醇的原料的某一特定类型生物质的价值取决于它转化为糖类的难易程度。从纤维素到葡萄糖的转化效率取决于改变生物质材料结构和化学性质的预处理过程，预处理的目的是更大程度地获取纤维键[16]。乙醇一旦生成，通常需要经过蒸馏和脱水以生成高辛烷值的无水乙醇[17]。
合成气发酵是一种间接的从生物质原料中生产乙醇的方法。这个过程的第一步是使用气化或者其他方法将生物质转化成富含一氧化碳和氢气的中间气态产物。这种中间气态产物即合成气体再通过发酵的方法产生乙醇。合成气发酵过程的一个与众不同的优点是它几乎适用于任何的生物质资源。生物质的直接发酵能够处理很多生物质原料，但是一些顽固物质的发酵需要花费更高的费用。因此，难以处理的废料最好用合成气发酵的方法处理[18]。在2004年，用全球超过10%的玉米作物生产出了15.5×109L的乙醇燃料。在接下来的10年里，乙醇需求将超过现在的两倍多。为了使供应能满足这一需求，一些新技术必须尽快从实验室规模转到商业规模。
3.2.2 甲醇
甲醇可以作为一种可能的替代燃料来替代传统运输燃料。目前，它是通过天然气的蒸汽转化获得，但也可以通过在生产合成气或生物气的过程中使生物质发生部分氧化反应而生成[19]。合成气的催化甲醇合成是一种典型的高温、高压的放热平衡限制反应，总的转换效率可以高达99%。甲醇是一种最常用的化学原料、萃取液、溶剂，也是一种用来生产MTBE和高辛烷值汽油添加剂的原料。纯甲烷也可以作为汽油的替代品或将甲烷与汽油混合成M85（85%的甲烷和15%的汽油）。甲烷也是一种用来生产很多重要化学药品的重要化学中间物[18]。(www.xing528.com)
3.2.3 丁醇
除了乙醇或沼气生产外，利用生物技术生产丙酮/丁醇/乙醇（ABE过程）是为数不多的使用未经过纯化的物质——如淀粉或者纤维素水解物，来进行生产的方法之一。其中，丁醇能够作为一种燃料添加剂。事实上，与乙醇相比，丁醇的高热量值、低蒸汽压力以及与水之间的低相容性有非常明显的优点。
3.2.4 生物柴油
生物柴油是一种可以替代柴油燃料的清洁燃料，它主要来自于蔬菜、废油、动物脂肪或由造纸过程中产生的废弃物得到的松油[17，21]。2003年，世界上全部的生物柴油产量约为1.8×109L[21]。生物柴油能够通过各种酯化技术来生产。直接使用或与酒精（甲醇）或微型乳剂混合使用、热裂解和植物油转酯化反应等方法已经被开发出来作为生产生物柴油的有潜力的战略[21]。几乎所有的柴油动力交通工具在使用含有高达20%的生物柴油与柴油的混合物时都可以运行，此外，很多新型的柴油机使用纯生物柴油也可以工作。但是，在一些高浓度的生物柴油中需要一些添加剂来抵抗冬季的冷流性[17]。脂肪和油类也能够与甲醇或乙醇产生化学反应生成化学化合物，被称为脂肪酸甲酯。
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