CTL和GTL工厂生产的液态燃料对环境是友好的，这一点已经阐明，因此环境有望对这些技术发展的产生推动力。不幸的是，CTL工厂不可避免地产生大量的二氧化碳。在一个CTL工厂个案分析中，1/3的煤用作内部能源消耗，1/3用于生产氢气，1/3用于液态燃料的生产。这意味着，这个CTL设计同时生产每吨产品会产生7t二氧化碳。结果表明[13]，如果煤用于生成内部能源和生产氢气，理论上生产每吨的产品同时产生的二氧化碳的绝对最小产量可达到2.03t。现实中可能实现的目标是生产每吨产品同时产生6t二氧化碳。这意味着，将能源效率提高到最大，二氧化碳的产量可以减少14%。幸运的是，产生的二氧化碳几乎有50%可以很容易的被捕获分离。原则上，如果内部能源消耗所需要的煤被汽化用来生产氢气燃料，那么其他50%的二氧化碳也可以被捕获。但是，这将会使汽化区增加50%。除了二氧化碳的影响，CTL工厂消耗的水量也很大，每生产1t的产品需要消耗2.3t的水。
可以通过废料的联合气化、利用无碳能源（水或核能）、天然气来产生氢气这几种方法来减少二氧化碳的产生。这些解决方法在技术上都是可行的，但是将会增加CTL工厂的资本和运作成本。
在CTL工艺设计时必须要处理的其他环境问题是，在煤气化过程中排放出来的硫和重金属以及产生的灰分。从这个意义上说，CTL工厂对环境的影响与IGCC火电站很类似。(www.xing528.com)
GTL工厂对环境的影响比CTL要小得多，因为它使用的原料富含氢，比煤要清洁的多。考虑碳效率为70%～78%（取决于工厂设计），则生产每吨产品同时产生的二氧化碳总量从0.89～1.35t不等。二氧化碳主要是由于燃烧气体为过程提供能量产生的，因此这样不利于捕获。在这种CTL工厂中，燃料气体在它作为燃料燃烧之前也可以通过转化炉和转换反应器结合转化为氢气，这种情况有利于二氧化碳的捕获。
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