二级水功能区划是在一级区划的基础上，对重要的开发利用水域进行功能区划分，共分七个区。
（1）饮用水源区。指满足城镇生活用水需要的水域。其划分的条件是已有的或规划的城镇生活用水取水口较集中的水域。水质管理目标根据需要分别执行《地表水环境质量标准》（GB 3838—2002）Ⅱ类、Ⅲ类水质标准和《生活饮用水卫生标准》（GB 5749—85）有关水源选择和水源卫生防护的规定。饮用水源取水口的保护范围和等级由地方人民政府划定。
（2）工业用水区。指满足城镇工业用水需要并达到一定规模的水域。其划分的条件是现有或规划水平年内的工矿企业生产用水的集中取水水域。水质管理目标执行《地表水环境质量标准》（GB 3838—2002）Ⅳ类标准。现状水质优于Ⅳ类的，按现状水质类别控制。
（3）农业用水区。指满足农田灌溉用水需要的水域。其划分条件为已有农田灌溉用水集中取水点、且达到一定规模的水域；或根据规划水平年内农田灌溉的发展，需要设置农田灌溉集中取水点、且取水量大的水域。水质管理目标执行《地表水环境质量标准》（GB 3838—2002），现状水质优于Ⅳ类的，按现状水质类别控制，对其他重要的农业用水区，原则上按不劣于Ⅳ类标准限值控制。
（4）渔业用水区。指具有鱼、虾、蟹、贝类产卵场和养殖场的水域。水质管理目标执行《渔业水质标准》（GB 11607—89）、《地表水环境质量标准》（GB 3838—2002）Ⅱ类标准，一般鱼类养殖水域可参照执行Ⅲ类水质标准。(www.xing528.com)
（5）景观娱乐用水区。指以满足景观、疗养、度假和娱乐需要为目的江河湖库等水域。其划分条件为风景名胜区所涉及的水域；度假、娱乐、运动场所涉及的水域。水质管理目标执行《地表水环境质量标准》（GB 3838—2002）Ⅲ类水质标准。
（6）过渡区。指为使水质要求有差异的相邻功能区或市级行政区边界的功能区之间顺利衔接而划定的水域。其划分条件为下游用水水质要求高于上游的或有双向水流的水域，且水质要求不同的相邻功能区之间。水质管理目标执行《地表水环境质量标准》（GB 3838—2002），按相邻功能区水质要求选用相应的控制标准。
（7）排污控制区。指接纳大中城市生产生活废污水较集中，且对环境无重大不利影响的水域，其划分条件为接纳的废污水量较大或污染物浓度高但为可降解稀释的，水域的自净能力较强，其水文、生态特性适宜作为排污区。排污控制区是结合水污染现状及治理的技术经济实际情况，合理利用江河水体自净能力而划定的水域，在区划时从严控制。排污控制区暂不执行水质管理标准，但其水质在通过过渡区后应能满足下一功能区需求。
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