微生物的染色方法主要有萃取液染色法和菌体染色法。萃取液染色法的优点是适用范围广，易于工业化生产，缺点是提取工艺烦琐，成本较高。菌体染色法的优点是工艺简单，省时省力，易于操作，缺点是不适用于产生非水溶性色素的微生物。
（1）紫色杆菌。自然界中能产生蓝色和紫色色素的微生物比较少，天然的蓝色色素更为罕见。紫色杆菌素或蓝色杆菌素来源于受污染的蚕丝所产生的色素菌种紫色杆菌。色素安全性好，性能稳定，色泽良好，适用于蚕丝、羊毛、棉和麻等天然纤维及合成纤维锦纶等的染色。
（2）弧菌。弧菌是从海洋沉淀物中分离出来的，利用弧菌可以产生鲜艳的红色染料灵菌红素。采用超细化分散技术可以使灵菌红素色泽自然鲜艳，且具有多种抗菌生物活性。可以对羊毛、锦纶、蚕丝、腈纶和聚乳酸等纤维染色，K/S值较高，各项色牢度均在4级以上，经过水洗和皂洗，仍对革兰氏菌有较强的抗菌能力，具有很大的研发价值。
（3）黑曲霉孢子粉。从谷物、空气和土壤中可获得曲霉属真菌黑曲霉。以马铃薯葡萄糖作为液体培养基，将一定量的混合稀土加入黑曲霉孢子粉的扩大培养液中作为染料，再加入灭菌的蚕丝织物，在pH为7，30℃，时间24h的条件下进行染色，染色织物颜色较深，匀染性很好，耐日晒色牢度能够达到3级，耐皂洗色牢度和耐摩擦色牢度可达到4级以上，还可以通过孢子粉的加入量来控制织物的色泽深浅。
（4）红曲霉菌。红曲色素是由紫色红曲霉菌接种在稻米上产生的，色素成分为红斑素和红曲红素。红曲色素主要有红、紫、橙和黄等色素，不溶于水，是我国传统使用的天然色素之一，不适合对棉、麻染色，对蛋白质纤维有很强的着色力，染色效果极好，得紫红色。将培养好的红曲霉菌在28～30℃下接种扩大培养液，后加入稀土作为媒染剂，对灭菌后的蚕丝织物进行低温直接染色，染色后的天然纤维及合成纤维呈现鲜艳的深红色，染色织物的各项色牢度均能达到基本服用要求。
（5）尖孢镰刀菌。尖孢镰刀菌是从感染根腐病的柑橘树根中分离出来的，从其中筛选出能够产生粉紫色蒽醌染料的菌株，并将其应用于羊毛织物的染色。染色织物可获得亮丽的色泽，色牢度也很高，完全可达到纺织品服用性能要求。
（6）冬虫夏草菌。能够培养出6种红色萘醌类物质的冬虫夏草菌，是一种昆虫病原真菌，这些萘醌类物质的化学结构类似于商用红色颜料紫草素和紫朱草素，具有极高的热稳定性和较强的耐酸碱性、抗菌性。真丝织物经蛹虫草色素在温度70℃、pH为6～7、元明粉30g/L、时间60min的条件下染色获得很好的亮黄色，各项色牢度均在3级以上，作为红色的染料对纺织品进行染色后整理具有巨大的商业应用价值。
（7）金龟子绿僵菌。属于昆虫寄生真菌，发酵产生黄色素，可对蚕丝和羊毛染色。蚕丝染色温度为80℃，羊毛染色温度为90℃，时间都为60min。染色后蚕丝的耐摩擦色牢度为4级，耐变色色牢度为3级，耐沾色色牢度为4～5级；羊毛的耐日晒色牢度偏低，为1～2级，其余均达到4级。
（8）紫色链霉菌。属于无致病性细菌，通过发酵产生紫色素。在温度90℃，pH=10，时间为40min的最佳条件下对蚕丝织物进行直接染色，染色后蚕丝的各项色牢度均达到4级。
（9）假单孢菌。嗜麦芽假单孢菌产生的黑色素氧化吲哚合成靛蓝，靛蓝色素合成的酶主要是单加氧酶和双加氧酶。染色织物的颜色和色牢度较好。
（10）大肠杆菌。产生靛青用于染色牛仔布的染料，利用基因工程大肠杆菌菌株发酵生产黑色素将被广泛应用。染色织物的颜色较深，色牢度较好。
（11）南美链霉菌。利用链霉菌菌株进行生产，利用微生物发酵生产黑色素将被广泛应用。染色织物的各项色牢度均能达到4级。(www.xing528.com)
（12）三孢布拉氏霉菌。三孢布拉氏霉菌两性菌株发酵产生β-胡萝卜素，红色精元杆菌产生类胡萝卜素。染色织物的颜色鲜艳，色牢度较好。
（13）绿色木霉菌。是由马铃薯葡萄糖培养基培养代谢出的水溶性黄色素。酸碱稳定性较好，耐热稳定性较差。可对蚕丝采用同浴媒染法（媒染剂氯化镨用量1.5g/L, pH为4，染色温度70℃）染色，织物获得较深的颜色和良好的色牢度；也可采用预媒法（媒染剂为1g/L的混合稀土，pH为4，染色温度80℃）对羊毛织物染色，染色效果较好。
（14）桑黄菌。属于药用真菌，子实体获取方便，利于工业化生产。利用子实体超细粉提取染料对蚕丝直接染色，色调为橘色偏黄，铝离子后媒染（媒染剂浓度1.5g/L, pH=4，染色温度90℃，染色时间120min）蚕丝的耐洗色牢度和耐摩擦色牢度均在3级以上，耐日晒色牢度略差，只有2级。
（15）绿脓杆菌。也称铜绿色假单孢菌，广泛分布于自然界。发酵产生蓝绿色绿脓菌素。染色织物获得较深的颜色和良好的色牢度。
（16）掌状革菌。掌状革菌呈现不同的褐色，是一种美味食用菌。染色织物的色牢度较好。
（17）粗毛褐孔菌。也称粗毛黄孔菌、槐蘑，产于我国河北、黑龙江、吉林、陕西、宁夏、新疆等地。菌肉开始时为黄褐色到锈红色，老后变黑褐色到黑色。染色织物颜色较深，色牢度较好。
（18）交链孢霉。交链孢霉是土壤、空气、工业材料上常见的腐生菌，主要分布在植物的叶子、种子和枯草上，有的是栽培植物的寄生菌。呈暗绿色、橄榄绿色，后可变成褐绿以至黑色。可以染色织物，色牢度较好。
（19）金黄色葡萄球菌。金黄色葡萄球菌也称“金葡菌”，隶属于葡萄球菌属，是革兰氏阳性菌代表，也是第三大微生物致病菌，分布广泛，是一种黄色素。可以染色织物，色牢度较好。
（20）绿色木霉菌。绿色木霉在自然界分布广泛，常腐生于木材、种子及植物残体上，是一种资源丰富的拮抗微生物，发酵产生绿色木霉黄色素，可以染色织物，色牢度较好。
利用微生物发酵获取的天然色素，开发出具有保健作用的抗菌、抗紫外线、驱虫的新型多功能生态染料。与合成染料相比，微生物染料一般产量较低，有些微生物发酵过程中会产生有毒性物质，染色成功后用加热的方法杀死细菌或者直接将细菌从衣服上洗去。微生物天然染料由于其生态环保、发酵工艺成熟且产量高、生物相容性好等优点，越来越受到人们的喜爱。采用微生物染料对纺织品进行染色加工，染色工艺多样，色泽独特，显示出巨大的应用前景。
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