天然蛋白质的种类繁多，结构复杂，目前对蛋白质的分类是依据蛋白质的分子形状、化学组成的不同而进行分类的。
（一）按照蛋白质分子形状不同分类
1. 球状蛋白质
分子比较对称，形状接近球状或椭球状，溶解度好，能结晶，是蛋白质中最多的一种，食品中的蛋白质大部分都是球蛋白。
2. 纤维蛋白
分子对称性差，类似于细棒状或纤维状，溶解度差，如指甲、羽毛中的角蛋白、蚕丝中的丝蛋白等。
（二）按照化学组成不同分类
1. 单纯蛋白质
（1）清蛋白 清蛋白又称白蛋白，分子质量较小，溶于水、中性盐类、稀酸和稀碱，可与饱和硫酸铵生成沉淀。清蛋白在自然界分布广泛，如小麦种子中的麦清蛋白、血液中的血清清蛋白和鸡蛋中的卵清蛋白等都属于清蛋白。
（2）球蛋白 球蛋白一般不溶于水而溶于稀盐溶液、稀酸或稀碱溶液，可与半饱和的硫酸铵生成沉淀。球蛋白在生物界广泛存在并具有重要的生物功能。大豆种子中的豆球蛋白、血液中的血清球蛋白、肌肉中的肌球蛋白以及免疫球蛋白都属于这一类。
（3）组蛋白 组蛋白可溶于水或稀酸。组蛋白是染色体的结构蛋白，含有丰富的精氨酸和赖氨酸，所以是一类碱性蛋白质。
（4）精蛋白 精蛋白易溶于水或稀酸，是一类分子质量较小、结构简单的蛋白质。精蛋白含有较多的碱性氨基酸，缺少色氨酸和酪氨酸，所以是一类碱性蛋白质。精蛋白存在于成熟的精细胞中，与DNA结合在一起，如鱼精蛋白。(www.xing528.com)
（5）醇溶蛋白 醇溶蛋白不溶于水和盐溶液，溶于70%～80% （质量分数）的乙醇，多存在于禾本科作物的种子中，如玉米醇溶蛋白、小麦醇溶蛋白。
（6）谷蛋白 谷蛋白不溶于水、稀盐溶液，溶于稀酸和稀碱。谷蛋白存在于植物种子中，如水稻种子中的稻谷蛋白和小麦种子中的麦谷蛋白等。
（7）硬蛋白 硬蛋白不溶于水、盐溶液、稀酸、稀碱，主要存在于皮肤、毛发、指甲中，起支持和保护作用，如角蛋白、胶原蛋白、弹性蛋白、丝蛋白等。
2. 结合蛋白质
结合蛋白质是由蛋白质部分和非蛋白质部分结合而成的。主要的结合蛋白有六种：
（1）核蛋白 非蛋白部分为核酸，称为核蛋白。核蛋白分布广泛，存在于所有生物细胞中。
（2）糖蛋白 非蛋白部分为糖类，称为糖蛋白。糖蛋白广泛存在于动物、植物、真菌、细菌及病毒中。
（3）脂蛋白 蛋白质和脂类结合构成脂蛋白。在脂蛋白中，脂类和蛋白质之间以非共价键结合。脂蛋白广泛分布于细胞和血液中。
（4）色蛋白 蛋白质和某些色素物质结合形成色蛋白。非蛋白质部分多为血红素，所以又称血红素蛋白。
（5）金属蛋白 金属蛋白是一类直接与金属结合的蛋白质，如铁蛋白含铁，乙醇脱氢酶含锌，黄嘌呤氧化酶含钼和铁等。
（6）磷蛋白 磷蛋白类分子中含磷酸基，一般磷酸基与蛋白质分子中的丝氨酸或苏氨酸通过酯键相连，如酪蛋白、胃蛋白酶等都属于这类蛋白。
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