这一步的工作量相当大，需与机械工作人员密切配合共同进行，一起分析调试过程中出现的问题。更为重要的是，调试人员对各功能的接口信号和参数必须十分熟悉，有深刻的理解。
主要调试步骤如下：
1）通过RS232通信接口和FAPT LADDER软件将事先编制的PMC梯形图送入CNC。
2）确认数控系统与机床侧的接口。现代数控系统一般都具有自诊断功能。荧光屏CRT上可以显示出数控系统与机床接口以及数控系统内部的状态。在带有可编程控制器（PLC）时，可以反映出从NC到PLC、从PLC到MT（机床）以及从MT到PLC、从PLC到NC的各种信号状态。至于各个信号的含义及相互逻辑关系，随每个PLC的梯形图（即顺序程序）而异。用户可以根据机床厂家提供的梯形图说明书（内含诊断地址表），通过自诊断画面确认数控系统与机床之间的接口信号状态是否正确。机床之间的接口信号状态如图3-6所示。
地址与信号的表示方法如下所示：
一个地址对应8个信号（＃0～＃7表示位的位置）
3）调试机床控制面板程序，使各种操作方式（例如JOG（点动）方式、HOME（回参考点）方式、AUTO（自动）方式、EDIT（编辑）方式等）；选择生效，使零件程序的控制方式（例如SINGLE BLOCK（单程序段），DRY RUN（空运行），BLOCK SKIP（程序段跳转），OPT STOP（选择停）等）生效；使倍率开关生效。
4）调试机床润滑。在使各进给轴移动前，必须使机床导轨的润滑正常，因此首先通过PMC程序调试定时润滑。采用定时器TMR05，TIMER DATA T08＝9984（单位：ms，约为10s）。
5）各进给轴的移动。在JOG方式下，按各轴移动键，各坐标轴应按机床参数指定的速度向正反方向移动，并受倍率开关的控制。
6）各轴参考点的设置。在机床上进行零件的自动加工，必须建立起机床坐标系（MCS），参考点就是为了建立机床本身的坐标系而设置的基准位置。在进行回参考点操作后，机床可自动、准确地停在该点上，通常在这个位置上换刀以及进行工件坐标系（WCS）的设定。
在FANUC系统中，回参考点的步骤是这样的：(www.xing528.com)
按下操作面板上的HOME键，并按手动进给按钮，使机床的移动部件沿参考点方向以快速进给速度移动；压上减速限位开关，回参考点减速信号触点断开后，进给速度立即减速，之后机床以一定的低速FL继续移动；随后在回参考点减速信号触点再次关闭以后，减速限位开关释放，且机床到达电气栅格位置上时，进给停止，且送出回参考点完成信号ZP1、ZP2、ZP3。各轴回参考点的方向可由参数独立设定。一旦返回参考点结束，在没有切换至JOG方式时，手动进给按钮无效。为了防止机床冲出极限位置，通常在回参考点前，将各轴移动至中间行程位置。
相关的主要参数有以下几个。
P1425＝500：回参考点低速FL，单位为mm/min；
P1420＝15000：快速移动速度，单位为mm/min；
P1850：参考点电气偏移量，单位为检测单位；
P1006.5＝0：各轴回参考点的方向，为正向；
P1836＝0：表示伺服位置误差为128，单位为检测单位。
对于Z轴参考点的设置，应与刀库的位置配合调整。
7）轴行程的设置。数控系统进行超程检测，是CNC的基本功能，称为软件限位，行程通过对P1320、P1321参数设定。
8）主轴的调试。主轴控制单元（或称主轴放大器）接受来自CNC的译码指令，同时接受速度反馈，实施速度闭环控制。它还通过PLC将主轴的各种实际工作状态报告给CNC，用以完成对主轴各项功能（包括主轴准停等）的控制。主轴电动机控制接口为主轴串行输出（与模拟输出相对，串行输出中输出到主轴的命令值为数字数据），同时使用外接位置编码器与CNC相连，用于检测主轴的位置。
9）自动换刀的调试。自动换刀装置（ATC）是加工中心的重要设备，其可靠的运行是决定该加工中心加工质量和生产效率高低的关键。自动换刀动作前已述及。刀库存有24个刀位，换刀指令为M06T××。CNC执行至该程序段时，调用09001子程序。换刀动作的实现由PMC控制，设计PMC程序时应充分考虑安全互锁。取刀时，采用捷径方式，即应使刀库可以正反转以最短的路径取刀。首先对其中的每个动作进行单个手动控制，由FANUC操作面板上的自定义按键操作；然后用M功能指令分别控制。捷径取刀可采用FAPT LADDER提供的ROT指令实现。
10）其他辅助动作的调试。像润滑一样，机床的其他辅助动作，诸如冷却、排屑、照明也可由PMC控制。
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