三峡水库建设前，长江干流及两湖独特的自然水文节律，塑造了长江中下游独特的湿地生态系统，经过多年的建设也保障了长江中下游的供水安全。江湖关系的演变，在一定程度上影响到长江中下游的水资源安全，主要体现在以下几个方面。
（1）加剧了洞庭湖北部荆南三口河系地区以及洞庭湖、鄱阳湖滨湖区的水资源供需矛盾。荆南三河为分流性河道，随着江湖关系演变下，分流量逐渐减少、断流时间延长，加之荆南三口河系地区地下水铁、锰等元素超标，在一定程度上加剧了荆南三口河系地区的水资源供需矛盾。据统计，荆南三口断流将影响湖南、湖北11个县（市、区）约421.6万人和554万亩农田的供水安全。洞庭湖、鄱阳湖滨湖区垸内农业灌溉主要靠内湖蓄水、湖泊水自流结合泵站提灌，灌溉供水量受湖泊水位影响显著，其中洞庭湖滨湖区受湖泊水位影响的农业灌溉面积319万亩，鄱阳湖滨湖区受湖泊水位影响的农业灌溉面积309万亩。受江湖关系演变影响，到2030年，在正常来水年份，洞庭湖滨湖区约90.6万亩农田灌溉受到影响，约占洞庭湖滨湖区灌溉总面积的30%；鄱阳湖滨湖区100万亩农田灌溉受到影响。
（2）洲滩提前出露，湿地植被发生正向演替。湿地植被是湿地生态系统中最重要的组成部分，是湿地生态系统健康最直接的指示，对湿地生态系统稳定具有关键作用。湖泊水文过程是影响湿地植被发展演化的决定性因子，水位波动、淹水周期、淹水频率和泥沙淤积等水文过程对湿地植被类型、分布与生产力具有明显的调控作用，进而影响湿地生态系统的结构和功能。湖草滩地的植被又可分为湿生植被和沉水植被，随着湖水位的季节性变化，草洲植被类型呈现出季节性交替。洪水季节，湿生植被转入休眠状态，形成以沉水植被为优势种的水生植物群落；秋冬季退水后洲滩逐渐出露，水生植物枯死、湿生植物竞相萌芽，形成以苔草为优势种群的湿生植被群落。洲滩间的浅碟形洼地在洪水过后仍有积水，在水域环境中由挺水、浮叶或漂浮、沉水植物构成的水生植物的基本骨架。三峡水库蓄水运用后，两湖高水位时间缩短、9—10月份水位消落加快等因素，造成洲滩提前出露，加之光热充沛，导致芦苇与苔草等迅速生长，并向湖心逐渐推进，挤占沉水植被的生存空间，从而打破现有植被格局，两湖植被发生正向演替。
（3）两湖越冬候鸟的栖息地和食物源受到影响。滩地、泥滩地和浅水区是洞庭湖湿地的重要组成部分，是越冬候鸟的主要觅食场所，随着湖水位的变化三者之间相互转化。汛后，随着湖泊水位消退，浅水区逐渐出露，大型涉禽和游禽在浅水区栖息觅食，食物资源以底栖动物、植物块茎或营养芽、小型鱼类等为主，大型涉禽取食的适宜水深为0.3米，而以植物为食的游禽适宜取食水深可以扩展到0.5米至1.5米深。随着湖泊水位进一步降低，原来的浅水区逐渐变为泥滩和沼泽，鸻鹬类水鸟主要在此栖息觅食，食物资源以底栖动物与植物块茎或营养芽为主，泥滩在出露五日内可视为鸻鹬类水鸟觅食的适宜生境，超过五日后，洲滩植被已经开始生长旺盛，不再适合鸻鹬类觅食。洲滩出露后，在适宜气候条件下洲滩植被（如苔草、看麦娘等）快速萌芽生长，雁类水鸟在此栖息觅食。随着江湖关系演变，湖区9—11月份水位出现新的变化，从而影响到草洲植被与沉水植物的生长，以及泥滩的出露面积、适宜深度的浅水面积等，造成不同的越冬候鸟到达高峰期和与之相适应的湿地类型最大面积出现时间的不匹配，影响到越冬候鸟的栖息地和食物源。
（4）水生生物生存空间受到挤压。枯水期湖泊水位降低、水域面积急剧萎缩，减少了江豚的活动空间和生活区域，江豚被迫生存于狭窄的巷道内，导致江豚搁浅死亡和被船舶螺旋桨致伤、致死的风险增加，近年来两湖江豚死亡的高峰期都出现在冬春季的枯水期。
（5）水环境质量下降。荆南三口河西地区河流密布，随着江湖关系演变、河流断流时间延长，水动力条件变差，进而变成“死水”，水体的自净能力和水环境容量下降，造成荆南三口河系地区水质呈逐年下降趋势。(www.xing528.com)
总体而言，长江经济带水资源丰富、水质总体较好，生态质量较高，但人类活动的加剧，造成水质不断恶化、生态系统质量下降。长江经济带面临的主要水安全问题表现为以下几方面。
（1）供水安全保障存在隐患。长江经济带极端气候发生的概率增加；云贵高原、四川盆地，以及洞庭湖北部荆南三口河系地区等区域的工程性缺水问题依然突出；中游江湖关系紊乱，两湖频频见底，湖周农业灌溉保证率低。
（2）水质水环境压力巨大。长江经济带污水排放总体呈上升趋势，上中游地区单位GDP化学需氧量、氨氮排放强度分别超出全国平均值10%～20%，河湖水体水质呈现出总体好转局部恶化态势，湖库水体富营养化程度加剧，80%湖泊轻度或中度富营养化，化工企业围江，结构性布局风险突出。
（3）水生生物多样性显著降低。河湖生境条件发生重大改变，栖息地破坏严重；梯级工程、江湖阻隔等造成鱼类洄游通道受阻；酷渔滥捕现象严重，鱼类资源幼龄化趋势明显；生物多样性整体降低，珍稀特有资源持续下降。
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