珠江流域水系网络刻划着流域构造格架，它跨越我国西部滇东经向沉降带和我国纬向构造体系第三条巨型的南岭东西向复杂构造带。它主要包括北纬24.5°桂西的西林，桂中的河池、宣山、鹿寨，桂东的贺县、桂平、大瑶山一带；和北纬23°的南宁、肇庆、广州—丰良纬向构造带。纬向构造带受北西向和北东向构造带的严重干扰，时现时隐。构造体系表现为其地层的褶皱、断裂的发育和火成岩体的分布变化较大。西部云贵高原一带侏罗系以前地层褶皱强烈，断裂发育。其经向构造体系，在第三系和第四系都呈现构造迹象，大断裂切过新第三系和第四系，温泉密布，地震频繁而强，在流域东部褶皱和断裂相对较缓和。
流域内规模巨大的断裂有滇东的绥江—曲靖经向断裂，长675km，沿断裂有岩浆岩活动，断层切过新第三系地层，并对新生代盆地沉积有明显控制，南盘江从源头到陆良基本沿断裂带发育。小江断裂为一长度大于530km的活动性经向断裂带，从1500～1974年共发生4.75级以上地震7次，最大为8级，其中6级地震12次，沿断裂带温泉密布，断层切过第四系洪积层。南盘江从宣良至开远河段基本顺断裂带发育。广东的深大断裂以滨太平洋东南沿海的北东向最活跃，其次为东西向断裂带。北东向深大断裂主要有长乐—南沃断裂，邵武—河源断裂带、吴川—四会断裂带、林阳—怀集断裂带、恩平—新丰断裂带、阳江—广州断裂带；东西向的有广州—罗浮山断裂带和雷琼构造带等，这些断裂挽近期内新构造运动有明显表现，在更新世至晚更新世最为活跃，全新世后有明显减弱趋势；空间上自西北往东南方向其活动性渐强；沿断裂线分布温泉，常见多发性强震、沿断裂带地形反差显著，以及基性火山岩溶喷溢活动等。在广西灵山—藤县北东向断裂带1936年发生过6.75级地震。广东1962年新丰江地震震级为6.1级，1969年7月阳江地震震级6.4级。历史最大震级为6.8级。(www.xing528.com)
根据《中国1/400万地震烈度区划图》（1990）南盘江宜良以下沿河谷约40km为大于Ⅸ度区，往南约70km范围内为Ⅷ度区，再往下游至雨夏为Ⅶ度区，在南北盘江交汇进入红水河，在广西乐业和贵州省望漠一线宽约40km范围为Ⅶ度区，在西江、东江和珠江三角洲Ⅶ度区还有：郁江上游的隆安、田东、田阳、百色一带和郁江下游的横县、灵山、浦北、博白一带，东江上游的寻邬—会昌一带、和珠江三角洲的崖山、顺德、佛山、广州至大亚湾范围内。其余地区地震基本烈度均为7度或小于8度区。
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