水系的自然形态是历史演变形成的，是一个相对稳定的生态系统，应得到尊重和保护。城市规划与建设活动中，存在为了增加可利用建设土地或者便利地块规整化开发，而将河道裁弯取直、明渠改为暗渠、侵占河湖面积等诸多活生生的反面实例。这些做法，不但严重破坏了河湖自然形态和生态系统组成，而且削弱了了城市河道的行洪能力、滞蓄能力，对城市排涝极其不利。尤其在城市化进程中，一些河流由乡村河道变成城市河道，适宜在规划阶段就统筹对其原有形态和生态系统进行保护。
城市河湖治理应尊重水系的自然形态，建议重视以下事项：
（1）尽量保护和修复干流、支流组成的水系结构。一些城市的支流尤其是大量小规模支流被填埋、侵占，使水系“缺胳膊短腿”，不但河流生态功能严重受损，而且也增加了城市雨水管网数量、规模和工程投资。对于这些已经被侵占的河道，有条件时建议尽可能恢复原有流路。
（2）尽量维持河流的明渠形态。明渠形态有利于河流超泄洪水；有利于河道生态系统中的绿色植物吸收阳光进行光合作用，完成有机物质的初级生产，维持复杂的食物网结构，构建具有自我调节能力和较高稳定性的生态系统结构，维持健康发展；也有利于形成人见人爱的滨水友好环境。一些已经被改成暗渠的城市河流，建议尽量创造条件予以恢复，就像韩国首尔的清溪川一样。
（3）尽量保护和修复河道的宽度和曲度。河槽的自然结构是来水来沙和河床岸坡长时期作用的结果，体现了来水来沙和河床岸坡地质条件的适应性。复杂多变的自然条件营造了各式各样的河流小生境，孕育了河流生态系统的生物多样性。河流生态系统的这种生物多样性，是与流速、水温、河床底质、岸坡孔隙结构、水质、阳光等条件长期互相适应的。就复杂的河流生态系统而言，自然选择的环境要远远优于人造的环境，所以建议尽量保护河道原有的地貌形态。修复时，也要尽量向自然学习，仿自然结构，即使我们的手段远不如大自然的鬼斧神工。(www.xing528.com)
（4）新规划城区内的河道，应加强现场调查研究，维持河湖自然形态和位置，不应为了便利城市开发建设而裁弯取直河道，也不要为了增加建设用地过度侵占河湖泊洪泛区，尤其是岸边生态带。
（5）与水系相连的小湖泊、坑塘和洼地，宜尽量予以保留，顺势利用，例如改造成城市湿地公园、植物园、街头小公园，既能增加城市的绿色面积，缓解游憩场所紧缺的压力，也能使之成为水系的有机组成部分，发挥它们滞蓄雨洪水的作用。
（6）为加强城市河湖的保护，宜进行规划设计分区。可以根据河道生态状况评估，结合滨河空间的开发利用方式，将河段划分成生态保护区、游憩区和过渡区。生态保护区重在保育河流生态系统，使其自在演化，减少人为干扰河流自然形态和生态系统结构。游憩区定性为公共空间，作为市民的运动、休闲的户外活动区域。游憩区的布置不应消减自然形成的河流行洪能力和湖泊蓄洪容积，不应影响河湖的防汛调度；不宜采用阻断滩地、岸坡地下水联系的材料和结构；宜保护生态廊道的宽度和连续性，并满足游人的安全防护、疏散、预警等方面的要求。过渡区则作为生态保护区和游憩区之间的过渡区域。对于有宽阔滩地的河道和较大面积的湖泊，也有必要进行分区：河湖的中心部位可划分成生态保护区，部分陆上岸线和近岸水域作为游憩区，二者之间设置过渡区。
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