三峡工程对生物的影响是多方面的，且因种类不同而异。例如白鳍豚，目前已不足200头，水库蓄水后清水下泄河床冲刷，中下游栖息水域改变，白鳍豚的分布范围缩小155km，出现意外死亡、事故的机率增多。坝下鱼类资源减少对饵料的保证也是不利的。当三峡大坝建成后，10月份水库蓄水，葛洲坝下游水位下降，江面变窄，产卵场面积相应减小，不利于产卵和发育幼鱼，同时过往船舶的增多，对亲鱼噪声干扰加剧，机械损伤的机率也增多。长江鳃的产卵场在库区上游，建坝后对其产卵场不会产生影响，但水库蓄水之后，水文条件有所改变，原栖息地则发生变化，种群数量不会明显增加。胭脂鱼在上游的种群在建库后若干年内将相对稳定，而中下游的种群，由于缺乏上游幼鱼的补充，仅依靠在本江段小规模的繁殖，将难以维护稳定的种群数量。目前人工繁殖已成功，可望减轻所引起的影响程度。
长江鱼类资源丰富，建坝后，上游由于环境的改变，约40余种鱼类受到不利影响，其中40%系上游特有鱼类，虽不致灭绝，但因栖息地范围缩小约四分之一，种群数量则相应减少。对四大家鱼而言，建坝后上游干支流所繁殖的卵苗将滞留库内，加之库内浮游生物将会增多，鲤鱼种类得以发展，家鱼资源量增加，而坝下产卵场，由于水文条件改变，产卵场的位置与规模将发生改变，如果水库调度不考虑家鱼繁殖要求，宜昌至城陵矶江段的家鱼繁殖将受到严重不利影响，鱼苗在中下游将减少50%～60%，进入洞庭湖鱼苗的减少幅度则更大。水库调蓄使洞庭湖提前一个月进入枯水期，鱼汛提前，鱼产品的数量与质量亦将下降。鄱阳湖亦有类似的情况发生。
三峡水库的削峰作用，也直接影响“四大家鱼”的产卵量，可能导致中下游“四大家鱼”的产量下降。水库泄洪时，可能使下泄水流中造成氮气过饱和，可能使坝下游鱼类（尤其是鱼苗），发生“气泡病”。水库的清水下泄，影响和改变了中下游的江湖关系，也相应的影响了中下游的水生态环境。另一方面，在三峡水库蓄水运行过程中，支流回水区受水库回水顶托的影响，在局部缓流区域可能会出现水体富营养化，甚至“水华”（如135m蓄水过程中香溪河发生的“水华”）；随着水库蓄水位抬高，水库消落带的利用，也可能影响水库水体的水质。(www.xing528.com)
通江洄游性鱼类如鯮、鳤等则急剧下降，同时洄游性鱼类的比重在阻隔湖泊中急剧下降，有的湖泊从原有的下降到不足。除少数湖泊外，几乎所有的阻隔湖泊都存在着不同程度的酷渔滥捕，对野生鱼类的发展构成威胁，与此对应的是湖泊的渔业产量持续下降，现有产量不到原有产量的一半。相对阻隔湖泊而言，通江湖泊的渔业产量也在持续下降。
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