此阶段治江工作全面开展，投入进一步加大，已有工程效益得到巩固提高。20世纪80年代后，为配合国民经济“三步走”战略部署，集中力量、高质量高效率地开展了一批对国民经济有重大影响的骨干工程建设。在水利建设体制方面，逐步改变过去靠国家大量无偿投资和群众巨大义务投劳以及工程配套管理靠集体经济的局面，实行承包经营责任制，大型水利枢纽建设也开始试行业主责任制、建设监理制和招标投标制。
为适应当时经济社会发展要求，针对面临的新情况、新任务，国家决定在原规划建设实践的基础上对1959年的《长江流域综合利用规划要点报告》进行全面修订。1990年9月《长江流域综合利用规划简要报告》（1990年修订）获得国务院批准，成为长江流域综合开发、利用、保护水资源和防治水害活动的基本依据。(www.xing528.com)
这一阶段长江水利焕发了青春，三峡、葛洲坝、南水北调等一批骨干工程建设取得积极进展。1980年7月，中国改革开放的总设计师邓小平同志视察三峡库区和葛洲坝工程，并在1986年会见外国记者时说，建设三峡工程总体来说利大于弊，这是一件造福中华民族子孙后代的大好事。国务院决定组织专家论证，直至1989年论证结束，其重要结论为：“三峡工程对我们四化建设是必要的，工程在技术上可行、经济上合理，建比不建好，早建比晚建有利，建议早作决策。”其间，1988年底葛洲坝工程完建，1992年4月3日七届全国人大五次会议通过《关于兴建长江三峡工程决议》，1994年12月，三峡工程主体工程正式开工。1997年11月8日，三峡工程大江截流，江泽民总书记到会讲话说：“大江截流是我们现代化建设的一件大事，也是人类改造和利用自然史上的壮举。”这一时期，长江流域陆续建成或开工兴建了东江、万安、隔河岩、五强溪、二滩等大型水利枢纽工程；加强了长江堤防和防洪排涝工程建设，并对重点水库实施了除险加固；进一步治理洞庭湖、鄱阳湖、加固重点垸堤，整治尾闾洪道；加强长江上游重点水土流失区的小流域治理；开展了长江中下游重点河段的整治。这些都是标志着长江治理开发和水资源综合利用进入了一个新的历史时期。
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