移民后期生产扶持资金的性质属专项建设资金，只能用于移民安置的后期扶持工作。由其性质所决定后扶资金的管理和使用有以下几个特点：筹集和使用的统一性、用途上的专用性、使用上的计划性、财务管理的规范性、违反规定处罚的严肃性。水库移民后期扶持资金的筹措和使用是一种政府行为，在使用中要求实行严格的计划管理。例如，为了规范三峡移民资金管理，国家财政部专门制定了《三峡工程库区移民资金会计制度》，可见国家对移民资金管理的重视。后期移民扶持资金的管理至关重要，应在有效的监督管理下，充分发挥其扶持移民改善生产生活条件的作用，提高扶持资金的使用效益，使移民尽快脱贫致富。
因中央直属水库移民遗留问题处理开展较早，现结合其资金管理使用情况说明后期扶持资金管理使用。为处理好1985年底以前建成的中央直属水库移民遗留问题，国家设立了库区建设基金。资金的安排主要是将无偿资金用于基础设施建设，周转金用于扶持移民生产开发。但1999年财政部下发了《关于清理整顿部门有偿使用资金具体实施意见的通知》，停止了库区建设基金的周转使用。
库区建设基金停止周转使用后，作为移民管理机构，需适应扶持资金性质的转变而转变扶贫方式，进一步加大生产扶持开发的力度，建议现阶段后期扶持资金的管理和使用除继续执行统一领导、分级管理、包干使用、以生产扶持为主、温饱工程优先的原则外，建议：①继续实施部分无偿扶持方式；②大力推广贷款贴息扶持方式；③择机发展股份合作扶持方式。
后扶资金是确保移民“住得稳，富起来”的重要经济保障，十分有限，如管理、使用不当，将会导致整个移民安置工作的失败，造成移民上访，危及社会的稳定。因此，必须高度重视这个问题，采取一切办法，制定切实可行的措施，加强对此项资金的筹集、管理。建议：(www.xing528.com)
（1）领导带头学资金管理。在资金的管理使用上，单位的领导起着决定性的作用。因此，主管移民部门的领导首先要学管理，懂管理，会管理；其次，要带动基层移民干部学管理。
（2）移民资金的投放应尽量相互配套。由于移民资金数量有限，单打一的方式就显得身单力薄。除了移民资金外，财政部门每年都有大量的资金投向农村。如支农资金、农业开发资金等。而目前各类资金的投放自成体系，相互之间缺乏应有的协调。移民资金应在取得各级政府和财政部门的支持下与其他资金相互配套，优势互补，形成合力。这样，资金的使用将会发挥出最佳效益。
（3）加强监督检查。移民工作是一项扶贫帮困的工作，要加强对扶持移民资金使用情况的监督。首先是财政监督，要从查账入手，检查有无挪用、截留、挤占扶持移民资金现象。其次，要充分利用社会监督，组织人大代表、政协委员对扶持移民资金使用情况直接监督，防止个别干部优亲厚友、贪占和挪用扶持移民资金。要搞好舆论监督，充分利用各种新闻媒体。
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