目前由于管理体制方面存在体制不顺的问题，引发许多矛盾，造成移民群体性上访，影响社会稳定。
（1）缺乏统一的管理体系。目前处于一种谁投资谁管理的混乱状态中，政出多门、各行其是。各部门分别颁布各自的工作规范，在标准、内容上又互不相同，由此带来许多矛盾和问题。
（2）移民管理机构管理权威性不够。省、县两级相当多的移民管理机构是事业单位，并且挂靠在政府的水利、民政、发改委、经贸委等不同部门。在工作中，这些机构的管理权威性不够、不具备政府职能、缺乏协调能力，不能完全行使行政管理职责。
（3）移民管理体制最明显的弱点在于未让市场发挥基础的调节作用，而市场的基础调节作用则是市场经济体制的最明显的特征，移民管理体制目前实行是以计划管理体制。
（4）目前移民管理体制下，移民管理机构既是移民利益的代表者、维护者，又是实施移民项目建设者，移民项目运营和管理问题始终不能合理解决，移民项目法人缺乏有效制约。
（5）在目前移民管理体制下，没有一个部门能够对水利水电工程移民的前期工作、建设实施、后期扶持进行全过程动态管理。这就造成设计、审查、搬迁安置、后期扶持等不同时期的管理相互脱节，套取国家资金，挤占挪用移民资金的现象时有发生，国家的利益和移民的合法权益经常受到损害。(www.xing528.com)
（6）因国家机构改革，出现一些水库移民，原国家管理机构职能划转，国家层次出现管理“真空”，移民问题投诉无门，政策指导出现缺位。
（7）移民管理机构不健全。移民管理机构都是临时成立，完成移民工作任务就撤消，地方政府存在应付思想，机构建设得不到重视。移民机构在成立时，大多数干部都是从各个部门抽过来，干部思想顾虑多。
（8）移民管理机构运行效率不高。移民管理机构层次多，效率低下，影响移民工作的正常开展。
（9）移民管理机构有效激励机制不完善，人员、知识更新步伐滞后。由于不少移民管理机构工作人员按政府公务员的身份管理，上级委任，定编定级，人员很难流动；加上领导职数有限，职务上升空间较窄，客观造成素质不高的人难出去，高素质的人难进来。这种状况时间一久，矛盾就显露出来，导致一些工作人员缺乏工作动力，安于现状，不思进取，小富即安，小进则满。观念老化、知识老化、队伍老化的问题比较突出。
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