京南水利枢纽淹没水田长期补偿政策的制定和定型，经历了三个工作阶段。第一阶段是酝酿阶段，时间是1991年国家批复立项以后到1993年9月工程正式动工建设以前，主要任务是动员和组织社会各方面对淹没水田长期补偿问题进行大讨论，广泛征求意见，开展调查研究，进行方案比较，目的是统一思想，提高认识。第二阶段是试行阶段，时间是1993年9月工程开工建设以后到1995年初水库蓄水以前，主要任务是在坝首施工区进行征用水田的长期补偿政策的操作试验，目的是对已经制定的淹没水田长期补偿有关政策规定进行修改补充和完善。第三阶段是全面推行阶段，时间是1995年初到1996年上半年第一台机组投产发电以前，主要任务是与库区移民签订淹没水田长期补偿协议，完善有关法律手续。整个京南水利枢纽淹没水田长期补偿政策的内容包括以下七个方面：
（1）淹没水田的核定办法。根据审定的京南水利枢纽建设征地和移民安置规划所确定的淹没水田面积，分解落实到村民委员会，由村民委员会落实到移民户，并上墙公布，接受群众监督，并对有异议的移民户进行调解，直到移民群众共同认可为止。
（2）淹没补偿的标准和依据。淹没水田面积经过上墙公示并获得移民群众共同认可以后，即由业主、地方政府和移民群众代表三方共同讨论和研究淹没水田的补偿标准问题。对于淹没水田的产量，经过广泛征求意见，确定淹没水田每亩补偿标准昭平县542.5kg原粮，苍梧县525kg原粮。考虑到农村科技推广以后粮食单产不断提高的实际，决定淹没水田的补偿标准在淹没以后第五年增加50kg，第十年以后再增加50kg，最终确定昭平县库区淹没水田补偿标准每亩642.5kg，苍梧县每亩625kg。鉴于我国粮食市场放开以后，粮价上下浮动较大的实际，为维护移民群众的实际利益、不降低移民群众的粮食水平，决定各个年度淹没水田的实际补偿金额按当年市场平均粮价支付，具体办法是由京南镇粮食部门提供当年粮食部门的粮食交易价格，工商部门提供当年市场粮食交易平均价格，然后由业主对照市场粮食交易实际价格，提出当年淹没水田的实际补偿单价，经过公示以后，移民群众如无异议，便由移民所在的村民委员会签字认可、上报业主备案。如有异议，就再次进行调查和协调，直到没有异议为止。经过如此多次反复，取得一致意见以后，淹没水田的年度补偿金额才最终发放到移民群众手中。
（3）淹没水田的补偿协议。京南水利枢纽淹没水田的补偿协议，分为两个部分：第一部分协议由业主与库区村民委员会签订，协议约定的主要内容是业主核定移民村淹没水田的总亩数、总产量及补偿年限、补偿办法；第二部分协议是村民委员会与移民户签订，协议约定的主要内容是村民委员会核定移民户的水田面积、面积产量和补偿年限、补偿办法。这两部分协议签订前后，都有京南镇政府直接参与并监督，以确保程序的合法化和协议的合法性。
（4）淹没补偿的运行方式。京南水利枢纽淹没水田的长期补偿制度，是在政府、业主和移民三方地位平等、利益一致、互相尊重、互相监督的基础上运行的，淹没水田补偿制度所调整的对象是水利工程建设与当地移民群众的利益关系，所调整的主体是业主与移民，双方利益关系的长期稳定靠地方政府及其有关司法、移民等部门依法管理和监督。同时，为了确保补偿标准的合理合法和补偿金额的按时足额支付，由地方政府和业主共同委托审计部门对淹没水田补偿资金的管理情况进行定期审计。(www.xing528.com)
（5）淹没补偿的代理机构。为了减少京南水利枢纽淹没水田补偿资金管理的中间环节，避免补偿资金被挤占挪用和冒名领取，同时保护移民户经济收入的秘密，经认真讨论并征得移民群众同意，所有淹没水田年度补偿经费全部由业主直接拨付到京南镇农村信用社，由信用社分解落实到移民的银行账户。
（6）库区基础设施的建设管理。库区基础设施的建设，属于前期淹没项目的，在前期补偿投资中一次性解决；属于因电站运行和水库水位变化引起的新的库区基础设施建设问题，按照京南水利枢纽《库区新建工程管理规定》进行处理，具体办法是，对新出现的基础设施建设问题，由移民村村民委员会提出申请，业主经过前期勘察、论证和可行性分析，提出立项报告，经董事会讨论通过以后，交由设计部门进行规划设计，并经过招投标确定施工队伍，由业主与施工方签订施工合同，施工结束以后，由业主组织有关部门进行验收，验收合格以后才能交付给移民村管理。属于重大项目的，工程竣工验收以后，按有关程序移交地方政府及其有关职能部门直接管理。
（7）库区其他问题的处理办法。为了满足库区农业生产的正常灌溉用水，业主在库区建立17个抽水泵站，维护费用和管理人员全部由业主负责。对于因坍岸滑坡、洪水淹没等不可预见原因造成的损失，由业主与移民群众、地方政府共同协商解决。
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