食品经过包装后能防止来自外部微生物的污染，同时包装内部环境也会发生变化，其中的微生物相也会因此而变化。以肉为例，生鲜肉经包装后其内部环境的O2和CO2的构成比例不断发生变化，这是因肉组织细胞和微生物的呼吸而使O2减少、CO2增加；包装内环境的气相变化反过来又会影响食品中的微生物相，即需氧性细菌比例下降，厌氧性细菌比例上升，霉菌的繁殖受抑制而酵母菌等却在增殖。在包装缺氧状态下，食品腐败产物为大量的有机酸，而在氧气充足的条件下食品腐败时多产生腐胺CO2。
（二）包装食品可能引起的微生物二次污染
如前所述，大部分市售包装食品都会有一定数量的微生物，如果把这些常见微生物都当作污染来处理是不现实的，但弄清在流通过程中食品所含的细菌总数或明确其菌群组成，不仅有利于从微生物学角度查明食品腐变等质量事故的原因，且对包括加工、包装工艺在内的从食品制造到消费的整个流通过程中的微生物控制有实际的指导意义。
微生物对包装食品的污染，可分为食品本身的污染和包装材料污染两方面。在食品加工过程中的各个工艺环节，如果消毒不严或杀菌不彻底，在产品流通过程各阶段的处理，尤其在分装操作中，如果微生物控制条件欠佳等，均有二次污染的可能。随着货架期或消费周期的延长，不仅会大量繁殖细菌，也会给繁殖较慢的真菌提供蔓延机会。这种现象在防潮或真空充气包装中也常常发生。(www.xing528.com)
包装材料较易发生真菌污染，特别是纸制包装品和塑料包装材料，在包装容器制品的制造和贮运期间，会受到环境空气中微生物的直接污染和器具的污染。就外包装而言，由于被内装物污染，包装操作时的人工接触，黏附有机物，或吸湿或吸附空气中的灰尘等都能导致真菌污染。因此，如果包装原材料存放时间较长且环境质量又差，在包装操作前若不注意灭菌处理，包装材料的二次污染则成为包装食品的二次污染。
近年来，基于健康考虑及人们饮食嗜好的变化，大多数食品趋于低盐和低糖，且大多采用复合软塑材料包装以提高包装的阻隔保护性，这样处理可能会助长真菌的污染和繁殖。
表5-6为霉菌对食品污染的主要表现。
表5-6 霉菌对食品的污染
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