现在，市场上有大量的计算力学方面的软件工具。这些软件工具为制造工程师提供的知识和设计原则能帮助他们及时地交付可靠的产品，而且其产品成本比只通过物理样机设计的花费更低。虽然计算力学软件现已用于设计生产工艺，但是依旧面临许多挑战。这些挑战可分为如下几类：
1）多物理场。许多封装工艺都受到不同物理过程间强耦合的支配。计算力学工具目前正在解决多物理场计算的需要，但是精确地捕捉这些计算中的物理现象，需要更多的努力。
2）多学科。热、电、力和环境及其他因素在微系统产品的设计和封装中很重要。如果计算力学工具能允许来自不同学科的工程师在设计初期就交换他们各自的要求，这将极大地缩短生产周期。
3）多尺度。纳米封装工艺受不同尺度（纳米-微米-中等-宏观）现象的支配。这就需要特定技术来提供不同尺度下模拟工具之间的无缝连接。(www.xing528.com)
4）快速计算。解决高级非线性偏微分方程的计算力学软件的计算强度大而速度缓慢。因而，纳米制造和封装工艺的模拟就需要降阶模型（或紧凑模型）。虽然降价模型并不像高仿真的有限元或原子模型那样精确，但是它们能使设计工程师在设计早期快速消除许多毫无吸引力的设计。
5）生命周期的考虑。目前的计算力学分析软件仅有限地考虑了影响产品生命周期的主要因素，如可靠性、维护和寿命终结处理等。将来的模型将会包括产品整个生命周期的考虑事项，如绿色产品、可靠性、回收、拆卸和处理。
6）变化风险的消解。目前，计算力学软件中用到的产品和工艺模型通常都忽略了工艺变化、制造误差及不确定性，而这些对纳米封装十分重要。将来的模型将包括这些类型的参数以帮助预测制造风险。设计工程师可利用制造风险的预测结果来实施特定的风险缓冲策略。
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