序列多样性和丰富度分析

在提取窖泥微生物宏基因组DNA的基础上，本研究采用Miseq高通量测序技术对2类窖泥细菌群落结构进行了解析，10个样品共产生280 822条高质量序列，平均每个样品28 082条。在使用PyNAST将序列对齐时，有840条序列比对失败，因而共有279 982条序列进行了OTU的划分。10个窖泥样品16S rDNA V4～V5区序列测序情况及各分类地位数量如表4-1所示。

由表4-1可知，本研究采用两步UCLUST法进行了OTU的划分，根据序列100%相似性聚类分析后，挑选出了100 439条代表性序列，根据序列97.0%相似性聚类分析后，得到了14 368个OTU，经嵌合体检查后去除了6 762个OTU，还剩余7 606个OTU，平均每个样品1 339个。在OTU划分的基础上，本研究将序列鉴定为26个门、66个纲、108个目、233个科和524属，其中有0.034%和14.31%的序列不能鉴定到门和属水平。经过序列比对和嵌合体去除后，含有序列数最少的样品有18 588条序列，故而在进行α多样性计算时，所有样品测序深度均取18 510条序列。经Mann-Whiney检验发现，退化窖泥微生物群落的超1指数和香农指数均显著高于正常窖泥（P＜0.05），这说明窖泥退化后其细菌的多样性和丰度均会显著提升。

表4-1　样品16S rDNA测序情况及各分类地位数量(www.xing528.com)

注：计算每个样品发现物种数和香农指数时，样品的测序量均为18510条序列。