序列丰富度与多样性分析

图2-1　序列长度分布图

本研究采集的4个浓香型窖泥样品共产出140750条高质量16S rDNA序列，平均每个样品产出35188条。序列长度分布图如图2-1所示。 由图2-1可知，去除引物和barcode后，测序序列长度主要集中在440～459 bp，占序列总数的84.92%，另有13.98%的序列长度集中在420～439 bp。使用PyNAST将序列对齐，共有1466条序列因比对失败而被剔除，因而共有139284条序列进行OTU划分。4个窖泥样品16S rDNA V4-V5区序列测序情况及各分类地位数量如表2-1所示。

表2-1　样品16S rDNA测序情况及各分类地位数量(www.xing528.com)

注：计算每个样品Chao1和Shannon指数时，样品的测序量均为30 210条序列。

由表2-1可知，根据100%的相似性进行UCLUST时共得到了139284条代表性序列，继而根据97%相似性划分得到了4772个OTU，采用ChimeraSlayer检测到965个OTU存在嵌合体，去除嵌合体后还剩余3807个OTU，每个样品平均1476个。在OTU划分的基础上，本研究将序列鉴定为21个门、59个纲、96个目、199个科和425个属，其中仅有0.24%和6.14%的序列不能鉴定到门和属水平。由表2-1还可知，在4个窖泥样品中，GXY3的Chao 1指数最高，而GXY1的Shannon指数最大，由此可见，GXY3窖池中细菌微生物的丰富度最大，而GXY1窖泥细菌多样性最高。