克隆文库是20世纪末在对微生物多样性的研究中被开发出来。通过构建克隆文库分析微生物群落时，首先要获得样品总DNA，以提取到的总DNA为模板PCR扩增微生物的16S rDNA基因，然后将得到的扩增产物与载体连接，转化感受态细胞，通过蓝白斑筛选，挑取阳性克隆进行测序，根据测序结果判断样品中的微生物信息[25-27]。这一方法最早在1991年被Giovannoni等用来分析浮游细菌多样性[28]。由于克隆文库法针对原核微生物的16S rDNA全长，且避开了传统的纯培养方法，能将一些对营养要求苛刻的微生物鉴定出来，因此能更全面地反映样品中的微生物多样性；由于采用该方法能几乎获取微生物的16S rDNA全序列，所以结果也更加准确，被用于白酒窖泥微生物的研究。
2013年，刘森等[25]采集了四川一浓香型白酒公司20年窖池窖泥样品，从窖池上层窖泥中检测到Clostridium、Lactobacillus两个菌属，中层检测到5个菌属，分别是Lactobacillus、Serratia、Clostridium、Bacillus、Caloramator，窖池下层检测到4个菌属，分别是Lactobacillus、Clostridium、Bacillus、Caloramator，发现窖池不同位置的微生物分布显著不同。在所有样品中，Clostridium与Lactobacillus菌属在各层样品中均占20%以上，为优势菌属。2014年[28]，同样采用克隆文库法对安徽金种子酒业的浓香型白酒窖泥微生物进行了解析，发现退化窖泥中优势菌门为Firmicutes与Bacteroidetes，而老窖泥中Firmicutes与Chloroflexi为优势菌门。尽管通过克隆文库法对窖泥的研究取得了一些成果，但是由于该法操作繁琐，且耗时耗力，因此已逐渐被DGGE与二代测序技术取代，很少出现在近几年的研究报道中。(www.xing528.com)
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