α-多样性反映了单个样品内部物种的多样性，其中，Chao index反映样品中群落的丰富度，即群落中物种的数量，而不考虑群落中每个物种的丰度情况；Shannon反映群落的多样性，受样品群落中物种丰富度和物种均匀度的影响。
经过拼接，过滤等系列处理，蓝圆鲹在传统腌制加工过程中共获得细菌序列104474条，在乳酸菌辅助腌制加工过程中共获得细菌序列131434条；海鲈在传统腌制加工过程中共获得细菌序列105289条，在乳酸菌辅助腌制加工过程中共获得细菌序列131745 条。不同加工阶段的样品微生物多样性指数，如表2-22所示，腌制鱼类在腌制阶段微生物多样性呈下降趋势，由于高浓度食盐的渗入以及发酵导致低pH致使部分微生物死亡，到漂洗阶段，鱼肉充分暴露在空气中使得细菌多样性增加，干燥阶段随着水分活度的降低，微生物多样性也相应降低。总体上细菌物种多样性均呈现下降趋势。图2-18的样品稀释曲线也显示了这一趋势。图2-18曲线均已达到平坦期，即测序数据量合理，测序深度已基本覆盖样品中所有微生物。
表2-22 腌制鱼类加工过程α-多样性
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图2-18 稀释曲线
图2-19为A、B、C、D组间α-多样性盒形图，更直观地显示了组间α-多样性差异。observed species指标、Chao指标、ACE指标反映样品中群落的丰富度；Shannon指标以及Simpson指标反映群落的多样性。Simpson指标越小，代表样品中的物种越丰富，从表1可以看出，海鲈鱼中的微生物多样性明显比蓝圆鲹丰富，加入乳酸菌发酵剂之后，促进了优势菌的生长繁殖，因此也丰富了物种多样性，所以微生物多样性海鲈鱼高于蓝圆鲹，乳酸菌法高于传统法。从图2-19也可以看出，与其他3组相比，D组的observed species指标、Chao指标、ACE指标和Shannon指标均较高，而Simpson指标较低。因此，D组样品具有最高的细菌多样性，其次是C组，细菌多样性为D组>C组>B组>A组。
图2-19 α-多样性指数的箱图
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