在腌制过程中，鱼类在微生物和酶的作用下，蛋白质会降解产生多肽、氨基酸、核苷等物质。多肽与游离氨基酸是腌制鱼呈味物质的前体，蛋白质降解是风味物质形成的重要途径。通过研究发现，腌鱼制品中羰基含量高、巯基含量低、二硫键含量较高，蛋白质疏水性高，表明蛋白质氧化程度高。鱼类在腌制过程中，其肌肉中的肌动蛋白和肌球蛋白被降解，蛋白质羰基含量不断增加。随着腌制时间增加，分子量较大的蛋白质（超过188 kDa）逐步被氧化。而随着腌制盐浓度的增加，鱼类肌肉中可溶性蛋白和总巯基含量下降，二硫键含量增加，促进蛋白质的变性与聚集。
蛋白质的氧化与降解是影响腌制鱼品质与安全的重要因素。有研究表明，鳕鱼（Gadus morhua）在腌制过程中，其肌球蛋白和肌动蛋白的热稳定性都显著下降，而在随后的干燥过程其持水性下降可导致肌球蛋白和肌动蛋白的转变温度缓慢回到较高的温度，在腌制过程中，肌球蛋白重链（myosin heavy chain，MHC）裂解成小分子的亚基片段，其中两条重酶解肌球蛋白的片段（HMM S1和S2）和轻酶解肌球蛋白的片段（LLM）较多，相比较而言，肌动蛋白比肌球蛋白受到的影响小。有研究报告指出，鲱鱼（Clupea harengus）在腌制过程中，鱼肉中非蛋白氮含量显著上升，说明蛋白质发生降解并产生了非蛋白氮类的物质。同样的，腌制鲈鱼（Lateolabrax japonicas）过程中，鱼肉中的总氮含量没有明显变化，而非蛋白氮含量显著上升，在整个过程中肌原纤维蛋和白肌浆蛋白都发生了降解，且肌原纤维蛋白出现了聚集现象。在结构方面，有学者发现腌制后鱼蛋白质发生变性，肌肉横截面肌纤维束发生轻微的膨胀，排列更紧密，蛋白质的二级结构表明α-螺旋和β-折叠被打开成无规卷曲和β-转角。腌制所发生的鱼肉中蛋白质降解，就会产生游离的氨基酸、多肽，这些是腌制品中主要的呈味物质和挥发性风味成分的前体物质，因此蛋白质降解也是鱼类腌制品风味形成的重要原因。(www.xing528.com)
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